TruSight RNA Fusion Panel

FFPE 및 기타 암 연구 샘플에서 추출한 507가지 유전자를 다루는 포괄적인 유전자 융합(gene fusion) 검출.

2.5일

Assay 시간

11시간

수작업 시간

Total RNA 10 ng, FFPE RNA 20~100 ng

사용량

상세한 정보는 사양표를 확인하세요.

개요

TruSight RNA Fusion Panel은 연구용 단일 NGS assay로 암과 관련된 507개의 유전자 융합 관련 유전자를 다루어, RNA에서 결과까지 4일 만에 완료됩니다. 

  • 일반적이고 새로운 유전자 융합의 포괄적 검출을 위한 업계 지침에 따른 콘텐츠

  • 포르말린에 고정한 파라핀 포매(FFPE) 조직을 포함한 모든 샘플의 종류에 최적화된 RNA 시퀀싱 

  • 유전자 융합 검출을 표시하는 기기 탑재 소프트웨어 

암 관련 융합 유전자에 대한 종합적인 관점

TruSight RNA Fusion Panel은 단일 assay로 수백 개의 유전자를 다루어, 첫 번째 검사에서 유전자 융합(fusion) 검출 가능성을 높여 줍니다.

단순하고 간소화된 워크플로우

단순하고 통합된 워크플로우에는 라이브러리 준비, 시퀀싱 및 데이터 분석이 포함되며 샘플의 수에 따라 확장 가능합니다. RNA 샘플은 검사실 예산을 최대한 활용하기 위해 벤치탑 시스템에서 멀티플렉싱 및 시퀀싱할 수 있습니다.

기기 탑재 소프트웨어

기기 내 유전자 융합 검출은 추가적인 바이오인포매틱스 지원 없이 검사실에 NGS 기반 융합 검출을 제공합니다. 이 분석을 통해 검출된 유전자 융합, 관련 질병 연관성(Mitelman 데이터베이스에서 확인) 및 유전자 융합 지원 리드의 증거 목록이 제공됩니다. 

사양

필수 제품

각각 12개의 고유 인덱스가 포함되는 세트 A 및 세트 B 키트 시약을 모두 구매해야 합니다.  

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애플리케이션

TruSight RNA Fusion Panel은 혈액, 골수 또는 FFPE 샘플을 사용하여 다수의 암 유형에서 507개의 유전자 융합 관련 유전자에 대해 알려져 있는 파트너 및 새로운 파트너와의 유전자 융합 검출 연구를 지원합니다. 

워크플로우 예시

프로젝트 권장 사항

기기 권장 샘플 수 리드 길이
MiniSeq 시스템

Samples per run: mid output: 2-3, high output: 8 (based on 3 million reads per sample)

2 × 76 bp(최대 권장)

MiSeq 시스템

8 samples per run with v3 reagents (based on 3 million reads per sample)

2 × 76 bp(최대 권장)

NextSeq 550 시스템

24 samples per run (mid output; based on 3 million reads per sample)

2 × 76 bp(최대 권장)

관련 응용법 및 방법

비교하기

TruSight RNA Fusion Panel TruSight Tumor 170 AmpliSeq for Illumina Focus Panel AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3
Assay 시간 2.5일 약 2일 5~6시간(라이브러리 준비만 해당, 라이브러리 정량화, 정규화 또는 통합 시간은 포함되지 않음) 5~6시간(라이브러리 준비만 해당, 라이브러리 정량화, 정규화 또는 통합 시간은 포함되지 않음)
자동화 상세 정보 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기
암 종류 전체 고형암, 혈액학, 고형암 고형암 고형암 고형암
설명 암 연구를 위한 비용 효과적인 NGS 솔루션을 제공하여 고형 종양, 육종, 혈액암을 포함한 여러 암 유형에 관여하는 507개의 유전자를 심층적으로 포괄합니다.  DNA와 RNA의 변이 검출(variant calling) 정보를 사용하여 고형 종양에서 포괄적인 체세포 변이 검출 연구를 수행합니다. 고형암과 연관되어 있는 52개 유전자에 대한 체세포 분석 연구용입니다. 고형암과 연관되어 있는 유전자*의 핫스팟 및 전장 표적에 대한 체세포 분석 연구.
수작업 시간 11시간 ~10.5시간 < 1.5시간 <1.5시간
사용량 Total RNA 10 ng, FFPE RNA 20~100 ng DNA 및/또는 RNA 40 ng 1~100 ng(풀당 10 ng 권장) 1~100 ng(풀당 10 ng 권장)
기기 MiSeq 시스템, NextSeq 550 시스템, MiSeqDx(Research Mode), MiniSeq 시스템, NextSeq 500 시스템 NextSeq 550 시스템, NextSeq 500 시스템, HiSeq 2500 시스템 MiSeq 시스템, iSeq 100 시스템, MiSeqDx(Research Mode), MiniSeq 시스템 NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, NextSeq 1000 시스템, NextSeq 550Dx(Research Mode)
방법 표적 RNA 시퀀싱, 표적 인리치먼트 표적 DNA 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱, 표적 인리치먼트 표적 DNA 시퀀싱, 앰플리콘 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱 표적 DNA 시퀀싱, 앰플리콘 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱
핵산 종류 RNA DNA, RNA DNA, RNA DNA, RNA
특수 샘플의 종류 사용량이 적은 샘플, FFPE 조직 사용량이 적은 샘플, FFPE 조직 FFPE 조직 FFPE 조직
종 카테고리 인간 인간 인간 인간
기술 시퀀싱 시퀀싱 시퀀싱 시퀀싱
변이 클래스 유전자 융합 유전자 융합, 체세포 변이, 구조적 변이, 단일 염기서열 변이(SNV), 삽입 결실(Indel), 유전자 복제수 변이(CNV) 단일 염기 다형성(SNP), 유전자 융합, 체세포 변이, 삽입 결실(Indel), 유전자 복제수 변이(CNV) 단일 염기 다형성(SNP), 유전자 융합, 체세포 변이, 삽입 결실(Indel), 유전자 복제수 변이(CNV)

선택 도구:

그림 자료

TruSight RNA Fusion 캡처 chemistry

TruSight RNA Fusion Panel은 Total RNA로부터 표적 관심 영역을 분리하기 위한 단순하고 간소화된 방법을 제공합니다.

TruSight RNA Fusion Detection과 FISH 및 RT-PCR의 일치성

TruSight RNA Fusion Panel을 사용하여 FFPE 샘플에서 유전자 융합 검출

Trusight RNA Fusion Panel은 고품질 및 저품질 RNA 샘플의 종류 모두에서 고성능을 얻을 수 있도록 최적화되어 있습니다. 라이브러리 준비에는 최소 10 ng의 Total RNA 또는 20 ng의 FFPE RNA가 필요합니다. 이러한 저사용량 요건 덕분에 이 패널은 제한된 수량의 샘플에 대한 안정적인 표적 분석에 적합합니다.

TruSight RNA Fusion Panel Set A (48 samples)

RS-304-1002

RNA 라이브러리 준비와 시퀀싱을 위한 총 48개 RNA 샘플(FFPE 포함) 인리치먼트용 키트형 시약. 각 키트에는 12개의 고유 인덱스(2, 4, 5, 6, 7, 12, 13, 14, 15, 16, 18, 19)가 있습니다.

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TruSight RNA Fusion Panel Set B (48 samples)

RS-304-1003

RNA 라이브러리 준비와 시퀀싱을 위한 총 48개 RNA 샘플(FFPE 포함) 인리치먼트용 키트형 시약. 각 키트에는 12개의 고유 인덱스(1, 3, 8, 9, 10, 11, 20, 21, 22, 23, 25, 27)가 있습니다.

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TruSight RNA Fusion Oligo Panel

20046101

TruSight RNA Fusion Oligo Panel에는 1플렉스 인리치먼트를 사용하는 경우 시퀀싱을 위한 총 96개의 RNA 샘플에 충분한 올리고가 포함되어 있고, 3플렉스* 인리치먼트를 사용하는 경우 시퀀싱을 위한 총 288개의 RNA 샘플에 충분한 올리고가 포함되어 있습니다. 이 패널에는 라이브러리 준비가 포함되어 있지 않습니다. *멀티플렉싱 인리치먼트를 허용하는 라이브러리 준비 워크플로우에만 적용됩니다.

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선택 품목 요약

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단가

자주 묻는 질문

고신뢰도 유전자 융합 검출이란 유전자 융합이 분할 리드 점수, 페어드 리드 점수, 브레이크 엔드 상동성 및 기타 특징을 계산한 값에 기반한 점수가 임계값 필터에 부합한다는 의미입니다.

저신뢰도 유전자 융합 검출이란 유전자 융합이 Mitelman 데이터베이스에 순환형으로 나열되지만 최소 임계값 점수를 통과하거나 충족하지 않는다는 의미입니다. 

Local Run Manager RNA Fusion Analysis Module Workflow Guide에서 자세한 내용을 알아보세요. 

유전자 융합 점수는 유전자 융합 검출에 대한 신뢰도를 반영하는데, 여기에서 0은 저신뢰도, 1은 고신뢰도입니다. > 0.6의 점수는 고신뢰도 유전자 융합 검출로 보고됩니다.

이 assay는 당사의 일부 자동화 제공업체에 의해 자동화되고 있습니다. 이 워크플로우를 자동화하는 데 관심이 있는 경우 고객 관리자에게 문의해 보세요.

전사물(transcript)의 과다 발현 또는 결실을 일으키는 염색체 전위는 유전자 발현 수준에 반영될 수 있지만 융합 유전자를 생성하지 않습니다. Local Run Manager RNA Fusion 모듈은 유전자 발현의 변화를 검출하기 위해 설계되지 않았습니다. 이러한 변화를 검출하려면, BaseSpace Sequence Hub의 RNA-Seq Alignment 앱을 권장합니다. 또한 DNA에서 이러한 결과를 확인하는 것을 권장합니다. 

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