NovaSeq X 시리즈 주문
발전된 화학 반응, 광학, 정보학이 결합되어 뛰어난 시퀀싱 속도와 데이터 품질, 뛰어난 처리량과 확장성을 제공합니다.
TruSight Tumor 170은 일반적인 고형암과 관련된 170개의 유전자를 평가하는 NGS assay입니다.
TruSight Tumor 170
고형암과 관련된 170개의 유전자를 표적으로 하는 포괄적인 차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS) assay.
약 2일
Assay 시간
~10.5시간
수작업 시간
DNA 및/또는 RNA 40 ng
사용량
NextSeq 500/550 v2 시퀀싱 시약이 포함된 TruSight Tumor 170 번들 키트(카탈로그 번호 OP-101-1003 및 20018621)는 단종되었습니다. TruSight Tumor 170 Kit with NextSeq v2.5 Reagents(카탈로그 번호 20028821)가 권장 교체 제품입니다. TruSight Tumor 170 Kit Plus Watson for Genomics(카탈로그 번호 20018622)도 단종되었습니다. 해당 분석이 필요한 경우 계속해서 IBM과 직접 협력하세요. Illumina는 고품질 지원 및 서비스를 제공하기 위해 최선을 다하고 있습니다.
개요
암 관련 변이체에 대한 포괄적인 커버리지(coverage)
단일 샘플의 DNA 및 RNA를 사용하여 여러 가지 변이체 유형을 평가하여 귀중한 조직, 시간 및 리소스를 보존함으로써 단일 assay 효율성을 극대화합니다. 전문가 선정 증거 기반 콘텐츠는 연구자들에게 종양 형성에 역할을 할 가능성이 가장 높은 변이체에 대한 포괄적인 커버리지를 제공합니다.
DNA 및 RNA 통합 워크플로우
DNA 및 RNA 라이브러리를 동시에 준비, 시퀀싱 및 분석하여 다양한 유형의 체세포 변이체를 효율적으로 평가합니다.
간소화된 데이터 분석
시퀀싱 데이터 분석과 관리를 위해 BaseSpace Sequence Hub에서 TruSight Tumor 170 앱을 사용하세요. 로컬 2차 분석은 Docker 기반 소프트웨어에서 사용할 수 있습니다.
사양
| Assay 시간 | 약 2일 |
|---|---|
| 자동화 상세 정보 | 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 |
| 암 종류 | 고형암 |
| 콘텐츠 사양 | 프로브는 170개의 유전자의 전체 코딩 시퀀스를 강화합니다. 단일 염기서열 변이, 151개 유전자의 작은 삽입 및 결실, 59개 유전자의 증폭 및 55개 유전자의 유전자 융합과 스플라이스 변이체를 검출합니다. |
| 설명 | DNA와 RNA의 변이 검출(variant calling) 정보를 사용하여 고형 종양에서 포괄적인 체세포 변이 검출 연구를 수행합니다. |
| 수작업 시간 | ~10.5시간 |
| 사용량 | DNA 및/또는 RNA 40 ng |
| 기기 | NextSeq 550 시스템, NextSeq 500 시스템, HiSeq 2500 시스템 |
| 방법 | 표적 DNA 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱, 표적 인리치먼트 |
| 멀티플렉싱 | 두 인덱스 세트를 모두 사용하는 DNA의 경우 최대 32플렉스, RNA의 경우 최대 16플렉스 |
| 핵산 종류 | DNA, RNA |
| 특수 샘플의 종류 | 사용량이 적은 샘플, FFPE 조직 |
| 종 카테고리 | 인간 |
| 기술 | 시퀀싱 |
| 변이 클래스 | 유전자 융합, 체세포 변이, 구조적 변이, 단일 염기서열 변이(SNV), 삽입 결실(Indel), 유전자 복제수 변이(CNV) |
필수 제품
NextSeq 500/550 v2.5 시약 및 Pierian 해석 소프트웨어를 사용해야 합니다.
/
건
애플리케이션
TruSight Tumor 170은 단일 FFPE 샘플에서 얻은 RNA 및 DNA에서 암 관련 변이체(작은 변이, 증폭, 스플라이스 변이 및 유전자 융합)에 대한 효율적이고 포괄적인 커버리지를 제공합니다.
워크플로우 예시
프로젝트 권장 사항
| 기기 | 권장 샘플 수 | 리드 길이 |
|---|---|---|
| NextSeq 550 시스템 | Samples per run (high output): 16 (8 DNA + 8 RNA), 10 if DNA only, 16 if RNA only |
2 × 101 bp(최대 권장) |
관련 애플리케이션 및 방법
알려진 암 관련 유전자 변이를 표적으로 하는 광범위한 고정 및 맞춤형 차세대 시퀀싱 패널에 액세스하세요.
차세대 시퀀싱(NGS)은 고형암과 관련된 대부분의 유전자를 평가할 수 있는 포괄적인 방법을 제공합니다.
Illumina는 신약 개발 파이프라인의 여러 단계에 대한 NGS 시스템, 제품 및 서비스의 혁신적인 포트폴리오를 제공합니다.
다른 사람들이 이 제품을 사용하는 방법
문서
제품 관련 자료
비교하기
| TruSight Tumor 170 | TruSight Oncology 500 High-Throughput | TruSight Oncology 500 v2 | TruSight Oncology 500 ctDNA v2 | |
|---|---|---|---|---|
| Assay 시간 | 약 2일 | 검체에서 결과까지 4~5일 | 3–4 days from sample input to final results | 3–4 days from purified nucleic acid to variant results |
| 자동화 상세 정보 | 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 | 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 | 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 | Explore available automation methods |
| 암 종류 | 고형암 | 전체 고형암, 고형암 | 전체 고형암, 고형암 | 전체 고형암, 고형암 |
| 콘텐츠 사양 | 프로브는 170개의 유전자의 전체 코딩 시퀀스를 강화합니다. 단일 염기서열 변이, 151개 유전자의 작은 삽입 및 결실, 59개 유전자의 증폭 및 55개 유전자의 유전자 융합과 스플라이스 변이체를 검출합니다. | 총 1.94Mb 패널 크기로 523개의 관심 대상 유전자에서 얻은 DNA와 55개의 유전자에서 얻은 RNA의 표적 염기서열분석. MSI 및 TMB 측정 포함. | 총 1.94 Mb 패널 크기에 대해 523개 유전자의 DNA 및 55개 유전자의 RNA의 표적화된 시퀀싱. MSI 및 TMB 측정 포함. 선택적 TruSight Oncology 500 HRD 키트(일본에서는 이용 불가) 내용에는 Myriad Genetics가 제공하는 종합적인 유전체 불안정성 점수(LOH+TAI+LST)를 통해 상동성 재조합 결핍을 평가하기 위한 약 25K SNP의 적용범위가 포함된다. |
|
| 설명 | DNA와 RNA의 변이 검출(variant calling) 정보를 사용하여 고형 종양에서 포괄적인 체세포 변이 검출 연구를 수행합니다. | NovaSeq 6000 시스템 또는 NovaSeq 6000Dx 기기(연구 모드)를 사용하여 간소화된 워크플로우에서 가이드라인 및 > 1K 임상시험의 주요 생체표지자를 식별하기 위한 고처리량 종합 NGS 분석. 면역종양학 생체표지자 MSI 및 TMB의 범위를 포함한다. | Enables comprehensive genomic profiling of solid tumors using DNA and RNA from FFPE tissue. Provides variant detection and biomarker assessment from a single sample for broad tumor characterization. | Provides a noninvasive research method for comprehensive genomic profiling of liquid biopsy samples (ctDNA from blood plasma). This liquid biopsy approach provides insights about intra- and inter-tumor heterogeneity using a minimally invasive sample collection approach to complement tissue-based CGP. |
| 수작업 시간 | ~10.5시간 |
자동화된 워크플로우의 경우 ~2.5시간. 수동 워크플로의 경우 ~10.5시간. |
~7 hrs for manual workflow |
~1.5 hr for automated workflow ~2.5 hr for manual workflow |
| 사용량 | DNA 및/또는 RNA 40 ng | 40 ng DNA 및/또는 40~80 ng RNA | 30 ng DNA (as low as 10 ng), 40 ng RNA (as low as 20 ng) | 20 ng cfDNA (4 ml of plasma) |
| 기기 | NextSeq 550 시스템, NextSeq 500 시스템, HiSeq 2500 시스템 | NextSeq 2000 시스템, NextSeq 1000 시스템, NovaSeq X 시스템, NovaSeq 6000Dx(Research Mode), NovaSeq 6000 시스템, NovaSeq X Plus 시스템 | NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, NextSeq 1000 시스템, NextSeq 550Dx(Research Mode), NovaSeq X 시스템, NovaSeq 6000Dx(Research Mode), NovaSeq 6000 시스템, NovaSeq X Plus 시스템 | NovaSeq X 시스템, NovaSeq 6000Dx(Research Mode), NovaSeq 6000 시스템, NovaSeq X Plus 시스템 |
| 방법 | 표적 DNA 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱, 표적 인리치먼트 | 표적 DNA 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱, 표적 인리치먼트 | 표적 DNA 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱, 표적 인리치먼트 | 표적 DNA 시퀀싱, 표적 인리치먼트 |
| 멀티플렉싱 | 두 인덱스 세트를 모두 사용하는 DNA의 경우 최대 32플렉스, RNA의 경우 최대 16플렉스 |
NextSeq 1000 and 2000: P2 flow cell 8 samples, P3 flow cell 24 samples, P4 flow cell 36 samples. NovaSeq 6000/Dx: SP flow cell 16 samples, S1 flow cell 32 samples, S2 flow cell 72 samples, S4 flow cell 192 samples. NovaSeq X Series*: 1.5B cartridge 32 samples, 10B cartridge 192 samples, 25B 480 samples. |
NextSeq 550/Dx: 8 samples/run. NexSeq 1000 and 2000: P2 flow cell 8 samples, P3 flow cell 24 samples, P4 flow cell 36 samples. NovaSeq 6000/Dx: SP flow cell 16 samples, S1 flow cell 32 samples, S2 flow cell 72 samples, S4 flow cell 192 samples. NovaSeq X/X+: 1.5 B 32 samples, 10B 192 samples, 25B 480 samples. |
NovaSeq X Series: 4 samples on 1.5B flow cell, 24 samples on 10B flow cell. NovaSeq 6000 System: 8 samples on S2 flow cell, 24 samples on S4 flow cell, 192 indexes maximum. |
| 핵산 종류 | DNA, RNA | DNA, RNA | DNA, RNA | DNA |
| 특수 샘플의 종류 | 사용량이 적은 샘플, FFPE 조직 | FFPE 조직 | FFPE 조직 | 순환 종양 DNA, 혈액 |
| 종 카테고리 | 인간 | 인간 | 인간 | 인간 |
| 기술 | 시퀀싱 | 시퀀싱 | 시퀀싱 | 시퀀싱 |
| 변이 클래스 | 유전자 융합, 체세포 변이, 구조적 변이, 단일 염기서열 변이(SNV), 삽입 결실(Indel), 유전자 복제수 변이(CNV) | 유전자 융합, 체세포 변이, 새로운 전사물, 구조적 변이, 전사물 변이, 단일 염기서열 변이(SNV), 삽입 결실(Indel), 유전자 복제수 변이(CNV) | 유전자 융합, 이형접합성 소실(LOH), 체세포 변이, 전사물 변이, 단일 염기서열 변이(SNV), 삽입 결실(Indel), 유전자 복제수 변이(CNV), Tumor mutational burden (TMB), Genomic instability score (GIS), Microsatellite instability (MSI), 새로운 전사물, 단일 염기 다형성(SNP), 구조적 변이 | 단일 염기서열 변이(SNV), 삽입 결실(Indel), 유전자 복제수 변이(CNV) |
선택 도구:
Library Prep and Array Kit Selector
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그림 자료
TruSight Tumor 170 assay의 유전자 콘텐츠
TruSight Tumor 170은 170개의 유전자에서 현재 RefSeq 데이터베이스1당 모든 코딩 엑손을 표적으로 합니다. 콘텐츠에는 유전자 융합 및 스플라이스 변이체에 대한 55개의 유전자, 148개의 SNV와 삽입/결실, 그리고 59개의 증폭이 포함됩니다.
통합 라이브러리 준비 워크플로우
DNA 및 RNA 샘플은 cDNA 합성 단계(RNA의 경우) 및 절단 단계(DNA의 경우) 후 동일한 워크플로우를 따릅니다.
FFPE 샘플의 표적 커버리지
TruSight Tumor 170을 사용하여 다양한 품질의 FFPE 샘플로부터 DNA를 추출 및 평가하고 NextSeq 500 시스템에서 시퀀싱했습니다. DNA 증폭 가능성을 측정하기 위해 qPCR을 사용하여 샘플 품질을 평가했습니다. ΔCq 값은 각 DNA 샘플의 Ct(cycle threshold) 값에서 DNA Standard의 Ct 값을 뺀 값을 나타냅니다.
리소스
단일 assay가 DNA와 RNA를 모두 조사하여 단일 FFPE 샘플의 데이터 아웃풋을 극대화하는 방법을 알아보세요.
TruSight Tumor 170 Kit (24 Samples)
OP-101-1004
FFPE 검체에서 170개의 유전자를 고형 종양 프로파일링할 수 있도록 라이브러리 준비 및 농축 시약을 포함합니다.
List Price:
Discounts:
TruSight Tumor 170 Kit, With NextSeq v2.5 Reagents (24 Samples)
20028821
FFPE 검체에서 170개 유전자의 고형 종양 프로파일링이 가능하도록 라이브러리 준비, 농축 및 시퀀싱 소모품이 포함됩니다.
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자주 묻는 질문
라이브러리 준비 및 인리치먼트(enrichment) 동안, DNA 및 RNA 샘플은 샘플 절단(DNA) 및 cDNA 합성(RNA) 후 동일한 워크플로우를 거칩니다. 이로 인해 DNA 및 RNA 샘플을 동시에 처리할 수 있습니다. 그런 다음, DNA 및 RNA 라이브러리는 동일한 시퀀싱 런(run)에서 시퀀싱될 수 있습니다.
추출 시약은 TruSight Tumor 170 키트에 포함되어 있지 않습니다. QIAGEN AllPrep DNA/RNA FFPE Kit(카탈로그 번호 80234)는 이 assay를 위한 다른 추출 방법에 비해 높은 핵산 수율을 입증했습니다. QIAGEN AllPrep DNA/RNA FFPE Kit에는 RNA 추출 중 DNase I 분해 단계가 포함되어 있습니다. 재량에 따라 다른 상용 추출 키트를 선택할 수 있습니다.
TruSight Tumor 170 성능은 NextSeq 500 및 NextSeq 550 시스템, 그리고 HiSeq 2500 시스템에서 빠른 런(run) 모드로 검증되었습니다.
Illumina는 최소 40 ng의 DNA 또는 RNA를 추가할 것을 권장합니다. 고도로 분해된 샘플의 경우, 최대 120 ng의 DNA 및 85 ng의 RNA를 사용하여 assay 성능을 개선할 수 있습니다.
커버리지는 샘플 품질 및 멀티플렉싱(multiplexing) 수준에 따라 다를 수 있습니다. 각 분석에 대해 TruSight Tumor 170 앱에서 생성된 DNA_SampleMetricsReport.txt 및 RNA_SampleMetricsReport.txt 파일을 검토하세요. 이 보고서에는 > 100×의 커버리지를 가진 퍼센트 염기를 나타내는 지표가 포함되어 있습니다. 8개의 고품질 DNA와 8개의 고품질 RNA 샘플(16개의 라이브러리)을 사용한 시퀀싱 런에서 100x 커버리지와 99% 이상의 염기가 입증되었습니다.
BaseSpace Sequence Hub 클라우드 환경에서 이용 가능한 TruSight Tumor 170 앱 또는 로컬 Docker 앱을 사용하여 TruSight Tumor 170 라이브러리를 분석해 보세요.
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건
MiSeq 시약 키트 v3
클러스터 밀도와 판독 길이를 높여 최적화된 시약 키트로 이전 버전에 비해 시퀀싱 품질 점수가 향상되었습니다.
TruSight Oncology 500 v2
모든 주요 변이 클래스와 FFPE 조직에서 추출한 주요 바이오마커(TMB, MSI 및 HRD)를 다루는 대형 전체 고형암 패널을 통해 CGP를 지원합니다.
Illumina DNA Prep
다양한 시퀀싱 애플리케이션에 사용할 수 있는 빠르고 통합된 라이브러리 준비 워크플로우입니다.
NextSeq 500/550 v2.5 Kits
Reagent v2.5 키트는 시작 형광 강도를 유지하는 탄성 플로우 셀을 사용하여 이전 버전에 비해 안정성과 성능을 개선합니다.
TruSight Hereditary Cancer Panel
유전자 암 위험 소인과 관련된 113개의 유전자 및 125개의 SNP 전반에서 생식세포 돌연변이를 평가하는 표적 시퀀싱 패널.
TruSight RNA Fusion Panel
FFPE 및 기타 암 연구 샘플에서 추출한 507가지 유전자를 다루는 포괄적인 유전자 융합(gene fusion) 검출.
TruSight RNA Pan-Cancer Panel
혈액, 골수, FFPE 조직을 포함한 많은 RNA 샘플의 종류에서 유전자 발현, 변이, 유전자 융합 검출 연구를 위한 1,385개의 암 유전자를 표적으로 합니다.
참고 문헌(References):
1. O'Leary NA, Wright MW, Brister JR, et al. Reference sequence (RefSeq) database at NCBI: current status, taxonomic expansion, and functional annotation. Nucleic Acids Res. 2016;44(D1):D733-45.
doi:10.1093/nar/gkv1189
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