Illumina TCR 베타SR 패널용 AmpliSeq

종양 샘플에서 T세포 수용체의 베타 사슬 재배치를 시퀀싱하여 T세포 다양성과 클론 확장을 측정하기 위한 FFPE 호환 패널입니다.

5.5~7.5시간(라이브러리 준비만 해당, 라이브러리 정량화, 표준화 또는 풀링 시간은 포함되지 않음)

Assay 시간

<1.5시간

수작업 시간

1 ng

사용량

상세한 정보는 사양표를 확인하세요.

개요

Illumina TCR 베타SR 패널용 AmpliSeq (짧은 리드) 패널은 포르말린 고정 파라핀 포매(FFPE) 종양 샘플을 포함한 여러 샘플 유형과 함께 사용하도록 설계된 고도로 다중화된 표적 재시퀀싱 패널입니다. T세포 수용체(TCR)의 베타 사슬 재배치를 시퀀싱하여 T세포 다양성 및 클론 확장을 측정하도록 설계되었습니다. 멀티플렉스 PCR 프라이머, 라이브러리 시약 및 샘플 바코드의 단일 풀을 사용하여 FFPE, 전혈, 신선 동결 조직 또는 형광 활성화 세포 분류(FACS) 정렬 세포에서 추출한 DNA/RNA에서 라이브러리를 생성할 수 있습니다.

주요 기능은 다음과 같습니다.

  • 고부가가치 콘텐츠 - TCR 베타 사슬 시퀀스에 대한 포괄적인 커버리지 확보

  • 간단하고 간소화된 워크플로우 - FFPE, 전혈, 신선/동결 조직 또는 형광 활성화 세포 분류(FACS) 세포에서 하루만에 시퀀싱이 준비된 라이브러리를 준비하세요

  • 낮은 입력 요구 사항최소 10 ng의 입력 RNA로 고품질 시퀀싱 라이브러리를 생성합니다

Illumina TCR 베타SR 패널용 AmpliSeq 패널은 Illumina 중합효소 연쇄 반응(PCR) 기반 라이브러리 준비, Illumina 합성을 통한 시퀀싱(SBS) 차세대 시퀀싱(NGS) 기술 및 자동 분석이 포함되어 있는 통합된 워크플로우의 일부입니다.

바로 사용 가능한 이 패널을 사용하면 표적 식별, 프라이머 설계 및 패널 최적화에 소요되는 시간과 노력을 절약할 수 있습니다. 이를 통해 TCR 베타 사슬의 고가변성 상보성 결정 영역 3(CDR3)의 특성을 규명할 수 있습니다. 이러한 정보는 면역학 연구자들이 면역 기능, 자가면역 질환, 면역 매개 이상반응을 이해하는 데 도움이 될 수 있습니다.

Illumina용 AmpliSeq에 대해 더 알아보기

사양

필수 제품

Illumina용 AmpliSeq 라이브러리 준비 워크플로우에는 패널, 라이브러리 준비 시약(라이브러리 PLUS) 및 인덱스가 필요합니다. cDNA 합성, 샘플 식별 및 FFPE 샘플 준비에 사용할 수 있는 제품은 다음과 같습니다.

  • Illumina용 AmpliSeq RNA Panel로 작업할 때 Total RNA를 cDNA로 변환하려면 AmpliSeq cDNA Illumina용 합성이 필요합니다.
  • AmpliSeq™ Library Equalizer for Illumina®는 AmpliSeq for Illumina 라이브러리 준비 방법을 사용하는 동안 라이브러리를 표준화할 수 있는 사용하기 쉬운 솔루션입니다.
  • AmpliSeq for Illumina Direct FFPE DNA를 사용하면 탈파라핀화(deparaffinization) 또는 DNA 정제를 할 필요 없이 없이 AmpliSeq for Illumina 프로토콜을 사용하여 FFPE 조직에서 DNA 준비 및 라이브러리 구성이 가능합니다.
/

응용법

워크플로우 예시

1
준비

Illumina TCR 베타SR 패널용 AmpliSeq

AmpliSeq for Illumina Library PLUS

AmpliSeq for Illumina CD Indexes

Illumina cDNA 합성용 AmpliSeq

2
시퀀싱

프로젝트 권장 사항

기기 권장 샘플 수 리드 길이
MiniSeq 시스템

Samples per run will depend on sample type.

2 × 151 bp

MiSeq 시스템

Samples per run will depend on sample type.

2 × 151 bp

NextSeq 550 시스템

Samples per run will depend on sample type.

2 × 151 bp

관련 응용법 및 방법

문서

제품 관련 자료
지원 문서

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비교하기

Illumina TCR 베타SR 패널용 AmpliSeq
Assay 시간 5.5~7.5시간(라이브러리 준비만 해당, 라이브러리 정량화, 표준화 또는 풀링 시간은 포함되지 않음)
자동화 기능 리퀴드 핸들링 로봇
암 종류 고형암
콘텐츠 사양 CDR3의 특성 규명을 위해 최대 80 bp 리드 길이 앰플리콘으로 TCR 베타 사슬 재배열을 시퀀싱함.
수작업 시간 <1.5시간
사용량 1 ng
기기 MiSeq 시스템, NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, NextSeq 1000 시스템, MiniSeq 시스템
작용 기전 Multiplex PCR
방법 표적 DNA 시퀀싱, 앰플리콘 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱
핵산 종류 DNA, RNA
앰플리콘 수 다양함
특수 샘플의 종류 혈액, FFPE 조직
종 카테고리 인간
표적 단편 크기 80 bp
기술 시퀀싱
변이 클래스 전사물 변이

선택 도구:

그림

패널 (1)

AmpliSeq™ for Illumina® TCR beta-SR Panel

20031675

Sufficient for 24 DNA or RNA samples when paired with AmpliSeq Library PLUS for Illumina. Includes AmpliSeq dNTP Mix for Illumina. Purchase library prep, index adapters, and accessory products separately.

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라이브러리 프렙 (3)

AmpliSeq™ Library PLUS (24 Reactions) for Illumina®

20019101

Includes reagents for preparing 24 libraries. Purchase AmpliSeq for Illumina panel and index adapters separately.

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AmpliSeq™ Library PLUS (96 Reactions) for Illumina®

20019102

Includes reagents for preparing 96 libraries. Purchase AmpliSeq for Illumina panel and index adapters separately.

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AmpliSeq™ Library PLUS (384 Reactions) for Illumina®

20019103

Includes reagents for preparing 384 libraries. Purchase AmpliSeq for Illumina panel and index adapters separately.

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인덱스 어댑터 (6)

AmpliSeq™ UD Indexes for Illumina® (24 Indexes, 24 Samples)

20019104

Includes 24 indexes sufficient for labeling 24 samples. Purchase library prep and enrichment reagents and probe panels separately.

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A for Illumina®

20019105

Includes 96 indexes sufficient for labeling 96 samples. Purchase library prep and enrichment reagents and probe panels separately.

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AmpliSeq™ CD Indexes Set B for Illumina®

20019106

Includes 96 indexes sufficient for labeling 96 samples. Purchase library prep and enrichment reagents and probe panels separately.

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AmpliSeq™ CD Indexes Set C for Illumina®

20019107

Includes 96 indexes sufficient for labeling 96 samples. Purchase library prep and enrichment reagents and probe panels separately.

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AmpliSeq™ CD Indexes Set D for Illumina®

20019167

Includes 96, 8 bp indexes sufficient for labeling 96 samples. Purchase library prep reagents and probe panels separately.

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A-D for Illumina® (384 Indexes, 384 Samples)

20031676

Includes four sets of AmpliSeq CD Indexes for Illumina, Set A, Set B, Set C and Set D. Each set contains 96, 8 bp indexes sufficient for labeling 96 samples. Purchase library prep and probe panels separately.

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액세서리 제품 (3)

Ampliseq™ cDNA Synthesis for Illumina®

20022654

Includes reaction mix and enzyme blend to convert total RNA to cDNA when working with AmpliSeq for Illumina RNA Panels (eg, AmpliSeq for Illumina Immune Response, Immune Repertoire Plus, TCR beta Panel, Myeloid, Transcriptome Human Gene Expression, Focus, and Comprehensive Panel v3 as well as Custom or Community RNA Panels). Number of reactions vary by panel (eg, 100 reactions per kit for AmpliSeq for Illumina Immune Response, Focus, Comprehensive Panel v3, and Custom panels and 200 reactions per kit for AmpliSeq for Illumina Transcriptome Human Gene Expression, Myeloid, Immune Repertoire Plus, and TCR beta Panels).

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AmpliSeq™ Library Equalizer for Illumina®

20019171

Includes beads and reagents for library normalization when preparing AmpliSeq for Illumina libraries for sequencing.

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AmpliSeq™ for Illumina® Direct FFPE DNA

20023378

Includes 24 reactions to prepare DNA from unstained, slide-mounted FFPE tissues for library construction using AmpliSeq for Illumina protocol, without the need for deparaffinization or DNA purification.

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