컨소시엄 기반 협업 및 마이크로어레이를 통해 농업 유전체학에 대한 이해를 증진합니다.
농업 컨소시엄에서 회원들은 사적 협력 또는 공개적 협력을 통해 농업유전체학에 대한 집단적 이해를 증진합니다. Illumina는 농업적 중요도가 높은 종을 위한 마이크로어레이의 개발을 지원하기 위해 육종 전문가와 연구자 간의 수많은 컨소시엄 기반 협력을 촉진했습니다. 당사의 최첨단 마이크로어레이 기술은 아래 나열된 종을 위해 개발된 어레이를 포함하여 많은 농업 컨소시엄 및 기성품 어레이의 기반을 이룹니다.
보리 50K 컨소시엄 어레이는 170개의 엄선된 보리 수탁물의 엑솜 캡처 데이터로부터 유래된 약 44,000개의 SNP를 특징으로 합니다. 이는 광범위한 유럽 생식질에 존재하는 유전자 변이를 다룹니다. 이 어레이는 가장 최근에 출시된 보리 유사 분자 유전체 어셈블리를 참조하여 James Hutton Institute에 의해 설계되었습니다.
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보리 50K SNP 플랫폼(James Hutton Institute)
보리 50k iSelect SNP 어레이의 개발 및 평가
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면화 30K 어레이는 27,349개의 SNP를 특징으로 합니다. 응용 분야로는 유전자 다양성 분석, 유전자 매핑, QTL 분석, 후보 유전자 발굴, 마커 보조 선발, 유전체 선발 및 유전체 시퀀스 어셈블리가 있습니다.
이 어레이에는 Gossypium hirsutum, G. barbadense, G. tomentosum 및 G. mustelinum의 SNP로 개발된 70,000개의 마커가 있는 International Cotton Consortium의 하위 집합이 포함됩니다. G. longicalyx 및 G. armourianum과 관련하여 소수의 비드 유형이 시도되었습니다. 호주, 미국, 인도, 중국 품종의 Gossypium hirsutum을 포함하는 생식질 세포주에서 종내 SNP가 발견되고 검증되었습니다.
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이 어레이는 렌틸콩과 완두콩용으로 각각 10,000개, 병아리콩과 루핀용으로 각각 5,000개씩 총 30,000개의 SNP를 특징으로 합니다. 응용 분야로는 유전체 선발, 집단 유전학, 전장 유전체 연관성 연구, 전장 유전체 결측치 대체가 있습니다.
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소립종 어레이로도 알려진 USDA 다중 종 어레이는 보리, 귀리, 콩, 밀에 대해 각각 약 3,000개의 SNP가 특징입니다. 응용 분야로는 유전체 선발, 유전적 다양성, 핑거프린팅, 순도 평가/QC, 결측치 대체가 있습니다. 어레이 콘텐츠는 대두 6K, 밀 9K, 보리 50K, 귀리 3K 레거시 컨소시엄 어레이 중에서 USDA의 주요 오피니언 리더들이 선정했습니다.
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소립종에서 분자 육종을 위한 다중 종, 저비용, 유전체 전장 유전형 분석 플랫폼
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수수 컨소시엄 어레이는 평균 13.5kb마다 SNP를 갖는 S. bicolor 유전자의 97% 이상을 커버하는 약 50,000개의 SNP를 특징으로 합니다. 이 어레이를 통해 연구자들은 저렴한 비용으로 전 세계 수수 개체군 전반에서 공통/희귀 변종을 검출할 수 있습니다. 이는 S. bicolor 기준으로부터 약 34,000개의 유전자, 육종을 위한 약 8,500개의 SNP, 엑손 유전자로부터 약 22,700개의 SNP, 나머지 유전자의 업스트림/다운스트림 5kb 이내의 약 4,200개의 SNP, 그리고 주요 오피니언 리더들에 의해 식별된 추가 표적을 포함합니다.
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바이오 에너지용 수수의 개발, 개량 및 활용을 위한 유전체 자원
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이 어레이는 약 40,000개의 마커를 특징으로 합니다. 응용 분야로는 유전체 선발, 유전적 다양성, 핑거프린팅, 순도 평가/QC, 결측치 대체, 마커 보조 선발 및 형질 매핑이 있습니다.
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고밀도 90,000개의 단일 염기 다형성 어레이를 사용한 다배수체 밀 유전체 다양성의 특성 확인
유전체 전반에 걸친 비교 다양성을 통해 육배체 밀 랜드레이스 및 재배종 개선을 위한 다양한 선발 표적을 발견합니다.
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이 어레이는 꿀벌에 대한 전장 유전체 연관성 연구를 위한 약 70,000개의 SNP를 특징으로 합니다. 응용 분야로는 유전자 발견, 유전적 다양성, 복잡한 형질에 대한 전장 유전체 연관성 연구 및 유전체 선발이 있습니다.
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이러한 기성품 BeadChip 어레이를 통해 연구자들은 모든 품종의 소에 대해 유전체 전반에 걸쳐 유전적 변이를 조사할 수 있습니다. Illumina는 다양한 컨소시엄과 협력하여 이러한 어레이를 개발했으며, 이는 Bos taurus taurus(Btt), Bos taurus indicus(Bti), 그리고 여러 Bti x Btt 품종뿐만 아니라 이들 그룹 내의 온대 및 열대 적응 품종을 포함하여 육우 및 젖소의 세 집단의 유전적 다양성을 나타내는 SNP 유전자좌를 특징으로 합니다.
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BovineHD BeadChip: 이 종합적인 전장 유전체 유전형 분석 어레이는 전체 소 유전체에 균일하게 걸쳐 있는 777,962개의 SNP를 특징으로 합니다. 이 어레이는 USDA-ARS, UNCEIA-INRA, Pfizer Animal Genetics 및 미주리 대학과 협력하여 개발되었습니다.
BovineSNP50 BeadChip: 수상 경력에 빛나는 이 어레이는 전체 소 유전체에 걸쳐 54,609개의 정보 SNP 프로브가 고르게 배치되어 있습니다. 이 어레이는 USDA-ARS, USDA-MARC, 미주리 대학교 및 앨버타 대학교와 협력하여 개발했습니다.
이 어레이는 약 56,000개의 마커를 특징으로 합니다. 응용 분야로는 전장 유전체 연관성 연구, 유전체 선발, 집단 유전학, 보인자 스크리닝, 친자 확인 등이 있습니다.
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이 어레이는 약 172,000개의 마커를 특징으로 합니다. 응용 분야로는 전장 유전체 연관성 연구(복잡한 형질에 대한), 단일 유전자 형질 스크리닝, 친자 확인, 유전적 다양성, 품종 순도/조성 및 결측치 대체가 있습니다.
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이 어레이는 약 76,000개의 SNP를 특징으로 합니다. 응용 분야로는 유전체 선발, 혈통 확인, 유전적 다양성, 품종 순도/조성, 전장 유전체 결측치 대체, SNP-to-STR 결측치 대체가 있습니다.
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이 어레이는 약 79,000개의 마커를 특징으로 합니다. 응용 분야로는 유전체 선발, 전장 유전체 연관성 연구(복잡한 형질에 대한), 단일 유전자 형질 스크리닝, 친자 확인, 유전적 다양성, 품종 순도/조성 및 결측치 대체가 있습니다.
이 어레이는 국제 염소 유전체 컨소시엄에서 개발했습니다. 염소 유전체 스캐폴드의 de novo 시퀀싱, 차세대 시퀀싱으로부터의 SNP 발견 시퀀싱 데이터, 그리고 발현된 (EST) 시퀀스로부터의 시퀀싱 데이터를 포함하여 SNP 발견에서 컨소시엄에 의해 생성된 여러 데이터세트가 고려되었습니다. 염소 유전형 분석을 위한 SNP는 양 유전체의 데이터와 함께 시퀀스를 사용하여 주석을 달았습니다. 후보 염소 SNP는 알파인, 앙고라, 보어, 크리올, 진란, 가트장, 사넨, 사바나 및 스코펠로스 품종에 대해 검증되었습니다. 커뮤니티는 모든 프로젝트 규모의 신속한 자동 분석에 적합한 클러스터 파일을 제공했습니다. 이 어레이는 맞춤형 염소 유전형 분석 어레이를 위한 30,000개 이상의 애드온 마커의 기본 콘텐츠로 적합합니다.
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이 어레이는 약 52,000개의 마커를 특징으로 합니다. 응용 분야로는 전장 유전체 연관성 연구(복잡한 형질에 대한), 단일 유전자 형질 스크리닝, 친자 확인, 유전적 다양성, 유전체 선발 및 결측치 대체가 있습니다.
양 산업에서 가장 중요한 동물은 산업 전반에 걸쳐 사용되는 수컷을 생산하는 동물인 "사이어(sires)를 번식시키는 사이어"입니다. 연구자들은 수천 마리 사이어의 유전형을 분석함으로써 경제적으로 중요한 형질에 대해 방대한 수의 변이를 평가할 수 있습니다. Illumina는 양 BeadChip을 개발하기 위해 International Sheep Genomics Consortium(ISGC)과 협력했으며, 이는 AgResearch, Baylor University, UCSC 및 호주의 Commonwealth Scientific and Industrial Research Organization(CSIRO)의 선도적인 연구자들로 구성되어 있습니다.
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이 어레이는 약 75,000개의 마커를 특징으로 합니다. 응용 분야로는 전장 유전체 연관성 연구(복잡한 형질에 대한), 단일 유전자 형질 스크리닝, 친자 확인, 유전적 다양성, 품종 순도/조성 및 결측치 대체가 있습니다.
Illumina는 돼지 BeadChip 어레이를 개발하기 위해 International Porcine SNP Chip Consortium과 협력했으며, 이 컨소시엄은 Wageningen University, Danish Institute of Agricultural Science, USDA-ARS, USMARC, Roslin Institute, University of Illinois, Iowa State University, INRA, University of Missouri 및 Cambridge University의 연구자들로 구성되어 있습니다.
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사과, 브라시카/유채씨, 체리, 카우피, 펠라인, 포도, 귀리, 복숭아, 후추, 감자, 콩, 토마토 및/또는 밀과 같은 종에 대한 어레이가 필요한 경우 Illumina가 제공하던 과거 컨소시엄 어레이 중 하나를 재생성할 수 있습니다. 또한 새로운 감자 어레이가 현재 개발 중에 있습니다. 이전 컨소시엄 기반 어레이를 재생성하거나 개발 중인 새로운 어레이에 대해 자세히 알아보려면 영업 담당자에게 문의하거나 이 페이지 끝에 있는 양식을 작성하십시오.
다양한 동식물 종을 연구하기 위한 유전형 분석 및 시퀀싱 제품을 찾아보세요. 종, 방법, 기기 등을 기준으로 필터링할 수 있습니다.
Illumina partners with Naked Genetics to engage audiences in the world of next-generation sequencing
Productivity gains and heifer selection drive farm efficiency and competitiveness.
WorldFish and the Earlham Institute are using genomics to improve tilapia for the sake of global food sustainability
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