AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2

암과의 관련성이 알려져 있는 50개 유전자의 핫스팟 영역을 조사하는 표적 연구 패널입니다.

5시간(라이브러리 준비만 해당, 라이브러리 정량화, 표준화 또는 풀링 시간은 포함되지 않음)

Assay 시간

< 1.5시간

수작업 시간

1~100 ng(풀당 10 ng 권장)

사용량

상세한 정보는 사양표를 확인하세요.

개요

AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2는 Catalogue of Somatic Mutations in Cancer(COSMIC)1 데이터베이스상에서 식별된 암과의 연관성이 알려져 있는 50개 유전자의 핫스팟 영역 전체에 걸쳐 체세포 돌연변이를 연구하기 위한 표적 재시퀀싱(targeted resequencing) assay입니다. 

주요 기능

  • 관련 유전자 콘텐츠 - 50개의 종양유전자와 종양 억제인자 유전자로부터 추출한 약 2,800개의 COSMIC 돌연변이를 표적으로 함

  • 빠르고 간소화된 워크플로우 - 고품질 샘플 최소 1 ng 또는 포르말린에 고정한 파라핀 포매(FFPE) 샘플 10 ng로부터 하루 만에 시퀀싱이 준비된 라이브러리 준비

  • 정확한 데이터 - 로컬 또는 클라우드 기반 분석을 사용하여 5% 대립유전자 빈도까지 체세포 돌연변이 검출

Cancer HotSpot Panel은 AmpliSeq for Illumina 중합효소 연쇄 반응(PCR) 기반 라이브러리 준비, Illumina sequencing by synthesis(SBS) 차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS) 기술 및 자동 분석이 포함되어 있는 통합된 워크플로우의 일부입니다.

이 패널은 폐암, 대장암, 유방암, 난소암, 흑색종 및 전립선암 등 다양한 암 유형 내에서 고감도 변이 검출을 지원합니다. 바로 사용 가능한 패널을 통해 표적 식별, 프라이머 설계 및 패널 최적화에 소요되는 시간과 노력을 절감해 드립니다.

사양

필수 제품

AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel 워크플로우에는 Cancer Hotspot Panel, Library PLUS 키트와 인덱스 어댑터가 필요합니다.

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애플리케이션

워크플로우 예시

프로젝트 권장 사항

기기 권장 샘플 수 리드 길이
iSeq 100 시스템

런당 샘플 수 16개(최소 500배 커버리지 가정)

2 × 150 bp

MiniSeq 시스템

런당 샘플 수: Mid-output: 32개, High-output: 96개(최소 500배 커버리지 가정)

2 × 150 bp

MiSeq 시스템

런당 샘플 수(시약 키트 버전별): v2 nano: 4개, v2 micro: 16개, v2: 60개, v3: 96개(최소 500배 커버리지 가정)

2 × 150 bp

관련 애플리케이션 및 방법

비교하기

AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2 AmpliSeq for Illumina Focus Panel AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3 TruSight Tumor 15
Assay 시간 5시간(라이브러리 준비만 해당, 라이브러리 정량화, 표준화 또는 풀링 시간은 포함되지 않음) 5~6시간(라이브러리 준비만 해당, 라이브러리 정량화, 정규화 또는 통합 시간은 포함되지 않음) 5~6시간(라이브러리 준비만 해당, 라이브러리 정량화, 정규화 또는 통합 시간은 포함되지 않음) 7시간
암 종류 전체 고형암, 고형암 고형암 고형암 전체 고형암, 고형암
콘텐츠 사양 암과의 연관성이 알려져 있는 50개 유전자의 핫스팟 영역 52개의 종양유전자에 대한 DNA 및 RNA 표적 161개의 종양유전자에 대한 DNA 및 RNA 표적 고형 종양과 관련된 15개의 유전자로부터 250개의 앰플리콘을 증폭
설명 50개 암 관련 유전자의 핫스팟 영역에 대한 체세포 분석 연구. 고형암과 연관되어 있는 52개 유전자에 대한 체세포 분석 연구용입니다. 고형암과 연관되어 있는 유전자*의 핫스팟 및 전장 표적에 대한 체세포 분석 연구. 20 ng DNA를 사용하여 고형암에서 흔히 돌연변이된 15개 유전자에 대한 NGS 분석. 
수작업 시간 < 1.5시간 < 1.5시간 <1.5시간 3.5시간
사용량 1~100 ng(풀당 10 ng 권장) 1~100 ng(풀당 10 ng 권장) 1~100 ng(풀당 10 ng 권장) 20 ng FFPE DNA 
기기 MiSeq 시스템, iSeq 100 시스템, MiSeqDx(Research Mode), MiniSeq 시스템 MiSeq 시스템, iSeq 100 시스템, MiSeqDx(Research Mode), MiniSeq 시스템 NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, NextSeq 1000 시스템, NextSeq 550Dx(Research Mode) MiSeq 시스템, MiSeqDx(Research Mode), MiniSeq 시스템
작용 기전 Multiplex PCR Multiplex PCR Multiplex PCR
방법 표적 DNA 시퀀싱, 앰플리콘 시퀀싱 표적 DNA 시퀀싱, 앰플리콘 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱 표적 DNA 시퀀싱, 앰플리콘 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱 표적 DNA 시퀀싱, 앰플리콘 시퀀싱
멀티플렉싱 이중 인덱스 조합 96개 이중 인덱스 조합 96개 이중 인덱스 조합 96개 1~24플렉스
핵산 종류 DNA DNA, RNA DNA, RNA DNA
앰플리콘 수 총 207개. 풀 1개. 총 553개. 풀 2개. (DNA 풀: 269개 앰플리콘. RNA 풀: 284개 앰플리콘.) 총 4,648개 4개 풀(DNA 풀 1: 1,891개 앰플리콘. DNA 풀 2: 1,890개 앰플리콘. RNA 풀 1: 447개 앰플리콘. RNA 풀 2: 420개 앰플리콘.)
특수 샘플의 종류 FFPE 조직 FFPE 조직 FFPE 조직 FFPE 조직
종 카테고리 인간 인간 인간 인간
기술 시퀀싱 시퀀싱 시퀀싱 시퀀싱
변이 클래스 단일 염기 다형성(SNP), 체세포 변이, 삽입 결실(Indel) 단일 염기 다형성(SNP), 유전자 융합, 체세포 변이, 삽입 결실(Indel), 유전자 복제수 변이(CNV) 단일 염기 다형성(SNP), 유전자 융합, 체세포 변이, 삽입 결실(Indel), 유전자 복제수 변이(CNV) 체세포 변이, 삽입 결실(Indel)

패널 (1)

AmpliSeq™ Cancer HotSpot Panel v2 for Illumina®

20019161

50개의 암 관련 유전자의 핫스팟 영역 전반에서 체세포 돌연변이를 평가하기 위한 표적 패널. 키트에는 24개의 반응이 포함되어 있습니다. Library PLUS 및 인덱스 어댑터는 별도 판매됩니다.

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라이브러리 프렙 (3)

AmpliSeq™ Library PLUS (24 Reactions) for Illumina®

20019101

24개의 라이브러리를 준비하기 위한 시약이 포함되어 있습니다. AmpliSeq for Illumina 패널 및 인덱스 어댑터를 별도로 구입하십시오.

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AmpliSeq™ Library PLUS (96 Reactions) for Illumina®

20019102

96개의 라이브러리를 준비하기 위한 시약이 포함되어 있습니다. AmpliSeq for Illumina 패널 및 인덱스 어댑터를 별도로 구입하십시오.

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AmpliSeq™ Library PLUS (384 Reactions) for Illumina®

20019103

384 라이브러리를 준비하기 위한 시약이 포함되어 있습니다. AmpliSeq for Illumina 패널 및 인덱스 어댑터를 별도로 구입하십시오.

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인덱스 어댑터 (6)

AmpliSeq™ UD Indexes for Illumina® (24 Indexes, 24 Samples)

20019104

24개의 검체 라벨링에 충분한 24개의 지수를 포함한다. 라이브러리 준비 및 인리치먼트 시약과 프로브 패널을 별도로 구매해 보세요.

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A for Illumina®

20019105

96개의 검체 라벨링에 충분한 96개의 색인을 포함한다. 라이브러리 준비 및 인리치먼트 시약과 프로브 패널을 별도로 구매해 보세요.

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AmpliSeq™ CD Indexes Set B for Illumina®

20019106

96개의 검체 라벨링에 충분한 96개의 색인을 포함한다. 라이브러리 준비 및 인리치먼트 시약과 프로브 패널을 별도로 구매해 보세요.

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AmpliSeq™ CD Indexes Set C for Illumina®

20019107

96개의 검체 라벨링에 충분한 96개의 지수를 포함한다. 라이브러리 준비 및 인리치먼트 시약과 프로브 패널을 별도로 구매해 보세요.

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AmpliSeq™ CD Indexes Set D for Illumina®

20019167

96개의 검체 라벨링에 충분한 96, 8 bp 지수를 포함한다. 라이브러리 준비 시약과 프로브 패널을 별도로 구입합니다.

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A-D for Illumina® (384 Indexes, 384 Samples)

20031676

Illumina, 세트 A, 세트 B, 세트 C 및 세트 D용 AmpliSeq CD 인덱스 4세트가 포함됩니다. 각 세트에는 96개의 샘플에 라벨을 부착하기에 충분한 96, 8bp 인덱스가 포함되어 있습니다. 라이브러리 준비 및 프로브 패널을 별도로 구입합니다.

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액세서리 제품 (3)

AmpliSeq™ for Illumina® Sample ID Panel

20019162

AmpliSeq Library PLUS for Illumina와 페어링 시 96개 반응에 충분한 8개의 단일 뉴클레오티드 다형성(SNP) 표적 프라이머 쌍과 1개의 성별 구별 프라이머 쌍이 포함됩니다. 빠르고 정확한 시료 식별이 가능합니다. 라이브러리 준비, 프로브 패널 및 인덱스 어댑터를 별도로 구입하십시오.

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AmpliSeq™ for Illumina® Direct FFPE DNA

20023378

파라핀 제거 또는 DNA 정제 없이 Illumina 프로토콜용 AmpliSeq를 사용하여 라이브러리 구성을 위해 비염색 슬라이드 장착 FFPE 조직으로부터 DNA를 준비하는 24가지 반응을 포함합니다.

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AmpliSeq™ Library Equalizer for Illumina®

20019171

시퀀싱을 위해 Illumina 라이브러리용 AmpliSeq를 준비할 때 라이브러리 정규화를 위한 비드 및 시약이 포함됩니다.

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선택 품목 요약

제품

수량

단가

NovaSeq X 시리즈 주문

발전된 화학 반응, 광학, 정보학이 결합되어 뛰어난 시퀀싱 속도와 데이터 품질, 뛰어난 처리량과 확장성을 제공합니다.

MiSeq 시약 키트 v3

클러스터 밀도와 판독 길이를 높여 최적화된 시약 키트로 이전 버전에 비해 시퀀싱 품질 점수가 향상되었습니다.

TruSight Oncology 500 v2

모든 주요 변이 클래스와 FFPE 조직에서 추출한 주요 바이오마커(TMB, MSI 및 HRD)를 다루는 대형 전체 고형암 패널을 통해 CGP를 지원합니다.

Illumina DNA Prep

다양한 시퀀싱 애플리케이션에 사용할 수 있는 빠르고 통합된 라이브러리 준비 워크플로우입니다.

참고 문헌

  1. Kingsmore S. Catalogue of Somatic Mutations in Cancer – Home Page. http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic. 2017년 10월 25일 접속.

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