샷건 메타지노믹스 시퀀싱

샷건 메타지노믹스 시퀀싱은 NGS를 사용하여 수천 개의 유기체 서열 시퀀싱 및 복잡한 샘플에 존재하는 모든 유기체의 유전자를 모두 포괄적으로 샘플링합니다

샷건 메타지노믹 시퀀싱이란 무엇입니까?

샷건 메타지노믹 시퀀싱은 연구자들이 주어진 복잡한 샘플에 존재하는 모든 유기체의 모든 유전자를 포괄적으로 샘플링할 수 있도록 도와줍니다.1,2 이 차세대 시퀀싱(NGS) 방법을 통해 미생물학자들은 세균 다양성을 평가하고 다양한 환경에서 미생물의 존재를 검출할 수 있습니다. 샷건 메타지노믹스는 또한 달리 분석하기 어렵거나 불가능한 배양 불가능한 미생물을 연구하는 방법을 제공합니다.3

Scientist, back view, removing gray tab protective coving over flow cell from NextSeq 1000/2000 P3 reagent cartridge, 300 cycles

샷건 메타지노믹스에 시퀀싱 뎁스(depth)가 중요한 이유

시퀀싱 뎁스는 게놈 내의 참조 영역에 정렬되는 시퀀싱 리드의 수를 말합니다. 이는 시퀀싱 뎁스가 깊을수록 결과가 정확하다는 증거가 더 강력해지기 때문에 중요합니다. 샷건 메타지노믹 시퀀싱은 포괄적이지만, 이러한 접근법은 16S 시퀀싱과 비교하여 분석 비용이 많이 들고 복잡할 수 있습니다. 얕은 샷건 시퀀싱은 두 방법의 단점을 보완하는 유용한 대안을 제공하는 방법으로, 전체 샷건 시퀀싱에 비해 더 얕은 판독을 제공하는 동시에 16S 시퀀싱에 비해 더 높은 식별 및 재현성 있는 결과를 제공합니다.4

샷건 메타지노믹 시퀀싱의 애플리케이션

인간 마이크로바이옴 분석

NGS가 배양 불가능한 유기체의 유전체를 포함하여 전체 미생물 군집의 유전체를 조사할 수 있는 연구에 어떻게 도움이 되는지 알아보세요.

유전체 감시 시스템

연구자들이 유전체 감시 시스템을 활용하여 분자 수준에서 병원체를 연구하고, 전 세계 인구에 대해 병원체의 행동과 진화에 대한 인사이트를 제공하는 방법에 대해 알아보세요.

환경 메타지노믹스

환경 샘플 내의 DNA 분석을 기반으로 하는 미생물 군집 내 유기체에 대한 연구입니다.

항균제 내성 감시 시스템

NGS를 사용하여 감염 치료에 일반적으로 사용되는 항균제에 내성이 있는 미생물을 검출하는 방법을 알아보세요.

권장되는 샷건 메타지노믹스 워크플로우

1
준비
2
시퀀싱
3
분석
1
준비
2
시퀀싱
3
분석

샷건 메타지노믹 시퀀싱 가이드

이 가이드를 읽고 중요한 질병에 대해 복잡한 미생물 샘플을 시퀀싱하는 방법을 이해하거나 군집 수준의 미생물 생물 다양성 및 기능에 대한 인사이트를 얻어 보세요.

Two researchers, man and woman, kneeling in the middle of a forest near at the bed of a river, holding a jar filled with murky river water, looking closely at the composition and assessing.

관련 방법

16S 및 ITS rRNA 시퀀싱

차세대 시퀀싱(NGS) 기반 ITS 및 16S rRNA 유전자 시퀀싱은 연구하기 어렵거나 불가능한 복잡한 미생물군 또는 환경에서 추출한 샘플 계통 발생 및 분류를 비교하기 위한 잘 확립된 방법입니다.

메타트랜스크립토믹스 시퀀싱

복잡한 미생물 커뮤니티에서 발현된 mRNA를 포괄적으로 연구하는 방법에 대해 알아보세요. 또한 이 방법을 통해 연구자들은 미생물이 특정 시간에 주어진 환경에 어떻게 반응하는지에 대한 중요한 인사이트를 얻을 수 있습니다.

추가 자원

미생물의 신비한 세계

연구자들이 인간의 건강, 질병, 미생물 진화에 대한 이해를 높이기 위해 미생물의 유전체를 조사하는 방법에 대해 알아보세요.

마이크로바이옴 연구의 시대는 지금입니다

이 인터뷰에서 CMMR의 이사이자 Diversigen의 최고 과학 책임자인 Joseph Petrosino 박사는 전장 유전체 샷건 시퀀싱과 전사체학을 사용하여 신약 발견과 개발을 개선하는 방법에 관해 논의합니다.

토양 메타지노믹스 워크플로우

토양 미생물을 연구하기 위해 확장 가능한 연구에 샷건 메타지노믹스를 사용하는 방법에 대해 더 알아보려면 이 Application Note를 읽어 보세요.

NovaSeq 6000 시스템의 메타지노믹 시퀀싱

이 Application Note에서는 샷건 메타지노믹스를 사용하여 NovaSeq 6000 시스템을 통해 다양한 세균 및 메타지노믹 샘플을 연구하고 보다 긴 리드 길이를 사용하는 대용량 처리 워크플로우를 수행하는 방법을 알아봅니다.

상담 신청하기

검사실에서 샷건 메타지노믹 시퀀싱을 시작하고 싶으신가요?

참고 문헌

  1. Quince, C., Walker, A., Simpson, J. et al. Shotgun metagenomics, from sampling to analysisNat Biotechnol. 2017; 35, 833–844. doi: 10.1038/nbt.3935
  2. Deng, X., Achari, A., Federman, S. et al. Metagenomic sequencing with spiked primer enrichment for viral diagnostics and genomic surveillanceNat Microbiol. 2020; 5, 443–454. doi: 10.1038/s41564-019-0637-9
  3. Sharpton TJ. An introduction to the analysis of shotgun metagenomic data. Front Plant Sci. 2014; Jun 16;5:209. doi: 10.3389/fpls.2014.00209
  4. La Reau, A.J., Strom, N.B., Filvaroff, E. et al. Shallow shotgun sequencing reduces technical variation in microbiome analysisSci Rep 2023; 13(1). doi: 10.1038/s41598-023-33489-1