Illumina StrataMap Spatial solution
 

Illumina StrataMap Spatial 솔루션

편향 없는 발견으로 가는 길을 열어보세요

진정한 단일세포 해상도에서 가장 높은 공간 발견 역량과 생물학적 통찰력

StrataMap Spatial 솔루션 소개

Illumina StrataMap Spatial 솔루션은 편향 없는 전체 전사체 공간 프로파일링을 진정한 단일 세포 해상도로 제공하며, 높은 민감도와 넓은 조직 커버리지, 그리고 Illumina 시퀀싱 및 분석과의 완벽한 통합을 통해 조직 생물학을 고유한 조직 맥락 속에서 밝혀냅니다. StrataMap Spatial은 민감도, 규모 및 실시간 세포 통찰력을 통해 이전에는 볼 수 없었던 생물학적 현상을 밝혀냅니다.

축소판

공간 발견의 새로운 지평이 바로 여기에 있습니다.

 

 

경계 없는 발견

StrataMap Spatial은 다른 공간적 접근 방식을 제한하는 해상도와 커버리지 범위 간의 절충 필요성을 없애줍니다.

 

새로운 기기나 장벽 없이 활용 가능

StrataMap Spatial을 사용하면 새로운 특수 장비를 설치하는 데 드는 높은 비용과 복잡성 없이 첨단 공간 생물학을 활용할 수 있습니다.

 

보다 온전한 이해

StrataMap Spatial은 넓은 조직 캡처 영역을 통해 여러 개의 절편화된 관찰 결과 대신 단일 실험으로 공간적 맥락, 세포 수준의 세부 정보 및 생물학적 복잡성을 모두 시각화합니다.

 

포괄적인 공간 분석

StrataMap Spatial은 데이터 시각화 및 고급 3차 분석을 위해 Illumina Connected Multiomics와 함께 사용됩니다.

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경계 없는 발견

해상도를 유지하며 모든 유전자를 공간 정보와 함께 확인하세요

전통적인 공간 기술은 연구자들이 유전자 커버리지와 공간적 세부 정보 중 하나를 선택하도록 강요합니다. StrataMap Spatial은 모든 진핵 종에 대해 온전한 조직 절편에서 진정한 세포 수준의 공간 해상도를 제공함으로써 이러한 절충을 없앱니다. 시퀀싱 기반 폴리(A) 캡처 접근법과 고밀도 1µm 공간 특성을 통해 구현된 이 기술은 정밀한 세포 맥락을 보존합니다. 이를 통해 연구자들은 세포 상태, 상호작용 및 조직 구조를 명확하게 파악할 수 있습니다.

조직 상태 전반에서 민감한 전사물 검출

이 공간 발현 히트맵은 유방관 상피내암(DCIS)의 초기 침습 단계부터 고등급 침습성 질환에 이르기까지, 진행 단계에 따른 유방암 조직 상태 전반에서 민감한 전사물 검출 능력을 보여줍니다. 모든 샘플에서 나타나는 일관되고 대비가 뚜렷한 신호는, 다양한 종양 단계에 걸쳐 공간적 유전자 발현을 포착하고 규명하며 질병 중증도가 높아지는 과정에서도 생물학적 발현 구배와 조직 맥락을 보존하는 StrataMap Spatial Transcriptome 솔루션의 역량을 잘 보여줍니다.

시퀀싱 뎁스 전반에 걸쳐 일관된 전사물 검출

시퀀싱 포화도 곡선은 DCIS 및 침습성 유관암(IDC) 1~3등급에 걸친 유방암 조직에서 증가하는 시퀀싱 뎁스 전반에 걸쳐 일관되고 신뢰할 수 있는 전사물 검출을 입증 합니다. StrataMap Spatial은 시퀀싱 뎁스가 증가할수록 세포당 검출되는 분자와 유전자 수가 안정적으로 증가함을 보여주며, 질병 상태 전반에 걸쳐 성능을  유지하는  견고하고 확장 가능한 워크플로우를 강조합니다. 이를 통해 더 깊은 시퀀싱이 더 풍부한 생물학적 통찰력으로 직접 이어진다는 확신을 제공합니다. 

전장 전사체 프로파일링으로 표적 패널을 넘어선 유전자 검출 구현

Venn 다이어그램은 StrataMap Spatial 솔루션을 사용한 전장 전사체 공간 프로파일링과 일반적으로 사용되는 5,000개(상단) 및 18,000개(하단) 유전자 패널을 사용한 표적 패널 접근법으로 식별된 유전자 수를 비교한 것을 보여줍니다. (A) 유의성 임계값 P < 0.001을 사용한 비교는 StrataMap Spatial 솔루션으로 식별된 상향 조절 바이오마커의 63.6% 및 13.0%가 각각 5,000개 및 18,000개 표적 패널에서 캡처되지 않았음을 보여줍니다. (B) 유의성 임계값 P < 0.05를 사용한 비교는 StrataMap Spatial 솔루션으로 식별된 상향 조절 바이오마커의 63.8% 및 14.6%가 각각 5,000개 및 18,000개 표적 패널에서 캡처되지 않았음을 보여줍니다.

종양 미세환경의 공간 구조 내에서 구별되는 세포 집단 규명

이 관심 영역은 StrataMap Spatial이 고유한 공간적 맥락에서 구별되는 종양 및 미세환경 세포 집단을 규명하여 통찰력을 얻을 수 있는 능력을 보여줍니다.   고등급 IDC 샘플에서 주요 종양 및 기질 세포 집단은 종양-기질 경계면 전반에 걸쳐 명확히 구별되고 정확하게 국소화되어, 질병 생물학을 이끄는 공간적 조직 및 상호작용을 드러냅니다. 

세포 해상도 공간 매핑으로 세포 집단 및 국소 유전자 발현 확인

세포 해상도 공간 매핑은 더 큰 영역 전반에 걸친 신호 집계 없이 공간적 세부 정보를 보존하는 연속적인 1 μm 표면 특성을 통해 달성됩니다. StrataMap Spatial의 해상도는 캡처 표면의 구조, 공간 정보를 포함한 전사체 포획 기술, 그리고 계산 분석이 결합되어 구현됩니다. 이를 통해 세포 수준의 해상도에서 특정 위치의 유전자 발현 양상을 확인할 수 있습니다. (A) 종양-기질 경계면에서 정상 기질의 섬유모세포(노란색)와 근섬유모세포(빨간색)의 분포를 보여주는 이미지. (B) 근섬유모세포의 바이오마커인 ATCA2 (녹색)의 발현 패턴.

폴리(A) 기반 캡처를 사용한 종 독립적 공간 유전자 발현 프로파일링

StrataMap Spatial은 폴리(A) 기반 캡처를 사용하여 종별 프로브에 의존하지 않고 조직의 전사물을 직접 조사할 수 있습니다. 이 접근법은 assay 재설계 없이 광범위한 진핵 종 전반에서 공간 유전자 발현 프로파일링을 지원합니다. 다음은 옥수수 조직을 사용한 투과 시간 적정 실험의 유전자 발현 히트맵입니다. 각 절편은 서로 다른 투과 시간을 사용했습니다.

새로운 기기나 장벽 없이 활용 가능

새로운 자본 장비 요구 사항이 없는 완벽한 공간 워크플로우

전 세계 많은 검사실에서 이미 보유한 표준 조직학 워크플로우 및 Illumina 시퀀싱 시스템과 원활하게 통합되도록 설계된 StrataMap Spatial 솔루션은 새로운 특수 자본 장비가 필요하지 않습니다. 그 결과 개별 검사실, 공유 서비스 시설 및 서비스 제공업체 전반에 걸쳐 더 빠르게 발견하고 공간 생물학에 더 폭넓게 접근할 수 있습니다.

1단계

절편 및 이미지

조직 샘플을
동결 절편으로 제작하고 캡처 표면에 배치하여 자연 공간 조직을 보존합니다.
고해상도 이미징은 조직 형태를 캡처합니다. 

2단계

프렙

공간적으로 인코딩된 전사물은 조직에서 캡처되어 시퀀싱 준비 라이브러리로 변환됩니다. 

3단계

시퀀스

준비된 라이브러리를 시퀀싱하여 고품질 공간 유전자 발현 데이터를 생성합니다.

4단계

분석

분석은 공간 시퀀싱 데이터와 영상을 생물학적 통찰력으로 변환하여 조직 미세환경 내에서 세포 집단, 상태 및 상호작용을 밝혀냅니다.

보다
온전한 이해

크고 온전한 조직에서 전체 생물학적 스토리 보존

생물학은 단편적으로 존재하지 않으며, 공간 분석 또한 그래서는 안 됩니다. StrataMap Spatial은 연구자들이 단일 실험 내에서 광범위하고 온전한 조직 절편을 분석할 수 있는 크고 유연한 캡처 영역을 특징으로 하여 세포, 영역 및 구조 전반에 걸쳐 자연적인 공간 관계를 보존합니다. 플랫폼은 더 작은 캡처 형식으로 종종 중단되거나 손실되는 기울기, 미세환경 및 장거리 상호작용을 유지하여 조직 구성에 대한 보다 완전하고 충실한 관점을 제공합니다.

업계 최고의 대형 포맷 캡처 영역

업계를 선도하는 캡처 영역은 다른 공간 전사체학 플랫폼의 영역을 초과합니다. 슬라이드당 더 넓은 캡처 표면을 제공함으로써 StrataMap Spatial 솔루션은 단일 실험에서 훨씬 더 많은 조직과 세포를 프로파일링할 수 있게 합니다.

넓은 캡처 영역으로 포괄적인 조직 프로파일링 가능

여러 마우스 심장 조직 절편을 단일 슬라이드에서 프로파일링하여 12개 조직 절편에 걸쳐 600,000개 이상의 세포에 대한 공간 분석이 가능해집니다. 왼쪽에서 오른쪽으로 절편은 미교배 및 임신한 마우스 조직이 번갈아 배치됩니다(V, P, V, P, V, P). 하단 및 상단 행은 반복입니다.

동일한 슬라이드에서 다양한 조직 유형 프로파일링

마우스 조직 마이크로어레이의 공간 발현 히트맵은 크고 유연한 캡처 영역을 표시하여 단일 슬라이드에서 여러 조직 유형의 동시 공간 프로파일링을 가능하게 합니다. StrataMap Spatial 솔루션은 한 실험에서 다양한 조직과 반복을 수용하여 슬라이드당 더 많은 조직, 더 많은 세포 및 더 많은 생물학적 정보를 제공합니다.

포괄적인 공간 솔루션

고해상도 데이터를 명확한 생물학적 통찰력으로 전환

StrataMap Spatial 솔루션은 고급 assay를 통합 세포 분할, 공간 시각화 및 다운스트림 분석과 결합합니다. 연구자들이 raw data에서 해석 가능한 결과로 원활하게 이동하도록 돕고 엄격성은 유지한 채 복잡성을 줄임으로써 더 빠르고 더 확신에 찬 해석이 가능해집니다.

시퀀싱 데이터는 공간적 위치 정보가 반영된 유전자 발현 행렬을 생성하기 위해 DRAGEN 공간 전사체학 파이프라인으로 처리됩니다. 그런 다음 이 고해상도 공간 데이터는 조직 맥락 내에서 유전자 발현의 클러스터링, 세포 타입 식별 및 탐색을 위한 도구를 사용하여 Illumina Connected Multiomics에서 해석 및 시각화됩니다. 이 플랫폼은 대화형 탐색, 필터링 및 차등 발현, 마커 발견 및 세포 타이핑과 같은 3차 분석을 가능하게 하여 복잡한 워크플로우를 단순화합니다.

StrataMap Spatial 소프트웨어 워크플로우

StrataMap Spatial 소프트웨어 워크플로우는 공간 시퀀싱 데이터를 생물학적 통찰력으로 원활하게 변환합니다. 조직 이미지와 시퀀싱 출력에서 시작하여, 워크플로우는 공간 매핑, 세포 타입 주석 및 유전자 발현 분석을 통합하여 세포가 고유한 조직 맥락 내에서 어떻게 조직화되고 상호작용하는지 보여줍니다. 

데이터 인사이트를 위한 강력한 도구

이 그림은 Illumina Connected Multiomics (ICM) 공간 분석 인터페이스를 보여주며, 마우스 신장 샘플에서 공간 생물학을 탐색하기 위한 직관적이고 통찰력 중심의 워크플로우를 설명합니다. 공간 영역, 세포 타입 관계, 차원 축소 및 유전자 발현 패턴을 아우르는 통합 시각화를 통해 사용자는 조직 형태, 세포 특성 및 분자 신호를 원활하게 연결할 수 있습니다.

Illumina 공간 기술 개요

Illumina 공간 기술은 기질에서 폴리아데닐화된 RNA 전사물을 캡처합니다. 워크플로우는 동결 절편, H&E 염색 및 명시야 이미징으로 시작됩니다. RNA는 바코드 처리된 슬라이드에서 캡처되고 시퀀싱된 다음, 공간 매핑을 위해 공간 바코드 및 조직 이미지와 결합됩니다. 

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