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COVIDSeq 시험 (RUO 버전)

검사실에서는 이 고처리량 차세대 시퀀싱 assay를 통해 SARS-CoV-2 돌연변이를 검출하여 새로운 변이의 출현과 유행을 식별하고 추적할 수 있습니다.

개요

COVIDSeq 검사(RUO 버전)는 연구자들이 SARS-CoV-2의 새로운 변이를 검출하고 규명할 수 있는 차세대 염기서열분석(NGS) 분석입니다.

  • ARTIC v3 프라이머를 사용하여 SARS-CoV-2 RNA의 유전체를 검출합니다 

  • ≥ 90 앰플리콘이 검출될 때 공통 시퀀스를 보고합니다.

신속하고 확장 가능한 시퀀싱

Illumina COVIDSeq Test(RUO 버전)는 처리량 요구에 따라 384개에서 3072개의 샘플을 수용할 수 있습니다. 

균일한 유전체 커버리지

커버리지는 특히 스파이크 단백질 유전자좌에 초점을 맞추고 있습니다. 상세한 시퀀싱을 위해, 선택적인 ARTIC v4 프라이머 풀은 새로운 변이체에 대한 심층적인 특성 규명을 제공합니다.

통합 솔루션

키트에는 cDNA 변환, 증폭, 라이브러리 준비에 필요한 모든 시약이 포함되어 있습니다. PCR 중 63°C 어닐링 온도는 변이 분석 및 인사이트를 개선합니다. 

간소화된 데이터 분석

BaseSpace Sequence Hub의 Illumina DRAGEN COVID Lineage 앱을 비롯한 오픈 소프트웨어 도구로 계통을 평가하고 돌연변이에 주석을 달 수 있습니다.  

사양

자동화 기능 리퀴드 핸들링 로봇
자동화 상세 정보 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기
Content specifications Whole viral genome coverage of SARS-CoV-2 including the spike protein locus 
설명 COVIDSeq 검사(RUO 버전)는 연구 응용 분야를 위한 확장 가능한 High-throughput NGS 분석(최대 3072개 샘플)입니다.  
기기 MiSeq 시스템, iSeq 100 시스템, NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, NextSeq 1000 시스템, MiSeqDx(Research Mode), MiniSeq 시스템, NextSeq 550Dx(Research Mode), NovaSeq 6000Dx(Research Mode), NextSeq 500 시스템, NovaSeq 6000 시스템
방법 앰플리콘 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱
멀티플렉싱 NextSeq의 384-plex NovaSeq의 384-plex
핵산 종류 RNA
샘플 유형 세부 정보 비인두, 구인두, 중비갑개 비강 면봉 검체 
종 카테고리 바이러스
종 세부 사항 SARS-CoV-2(SARS-CoV-2_ MN908947v3)
가닥 특이성 비가닥(Non-stranded)
기술 시퀀싱

필수 제품

Illumina® COVIDSeq™ Test (3072 Samples) 외에도 다음이 필요합니다: 

  • IDT for Illumina PCR Indexes Sets 1–4 (384 Indexes, 384 samples) 

  • 시퀀싱 시스템을 위한 플로우 셀  

  • 시퀀싱 시스템용 시퀀싱 시약 키트 

  • 바이러스 RNA 추출 키트(예:(eg, QIAamp Viral RNA Mini Kit) 

/ 건

애플리케이션

COVIDSeq Test(RUO 버전)는 진단 절차나 환자 관리에 사용하기 위한 것이 아니라 SARS-CoV-2의 검출 및 특성 규명을 위한 통합 NGS 연구 솔루션입니다. 

워크플로우 예시

1
워크플로우 관리
2
라이브러리 준비

Illumina COVIDSeq Test(RUO 버전) 

3
시퀀싱
4
분석

Application Note

폐수 기반 역학을 이용한 감염병 감시 시스템
Illumina COVIDSeq Test(RUO 버전)를 통한 COVID-19 감시 시스템 지침

관련 애플리케이션 및 방법

코로나바이러스 시퀀싱

NGS can identify novel coronavirus variants, track COVID-19 transmission, and more. Compare NGS methods for various coronavirus sequencing goals.

감염병에 대한 차세대 시퀀싱(NGS)

NGS는 가설이 필요 없는 방법으로, 단 하나의 SNP 차이로도 감염병 균주를 구분할 수 있어 여러 번 검사할 필요성을 대체할 수 있습니다.

숙주 유전학 및 면역 반응 프로파일링

SARS-CoV-2 바이러스에 대한 숙주의 유전적 차이와 개별 면역반응을 연구하면 COVID-19 질병 취약성과 중증도를 밝힐 수 있습니다.

다른 사람들이 이 제품을 사용하는 방법
국가 감시 인프라 개발을 위한 Illumina와 Helix의 협업
이스라엘에 첨단 임상 연구 시퀀싱 검사실 구축
호주 시골의 COVID-19와 싸우고 있는 Territory Pathology, NGS로 대응

문서

제품 관련 자료
  • Technical Note PDF 1 MB
    2 버전
지원 문서

비교하기

COVIDSeq 시험 (RUO 버전) COVIDSeq Assay (96개 샘플) Pan-Coronavirus Panel Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit
자동화 기능 리퀴드 핸들링 로봇 리퀴드 핸들링 로봇 리퀴드 핸들링 로봇 리퀴드 핸들링 로봇
자동화 상세 정보 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기
Content specifications Whole viral genome coverage of SARS-CoV-2 including the spike protein locus  Whole viral genome coverage of SARS-CoV-2 including the spike protein locus  호흡기 병원체 DNA와 RNA를 동시에 검출하고 항균 내성(AMR) 유전자 발현을 동시에 프로파일링합니다.
설명 COVIDSeq 검사(RUO 버전)는 연구 응용 분야를 위한 확장 가능한 High-throughput NGS 분석(최대 3072개 샘플)입니다.   COVIDSeq Assay(96개 샘플)는 연구 애플리케이션을 위해 모든 Illumina 벤치탑 시퀀싱 시스템에서 처리되도록 고안된 저처리량 및 중간 처리량 NGS assay입니다. Pan-Coronavirus 패널은 다양한 동물 숙주에서 200개 이상의 알려진 신종 코로나바이러스 균주를 검출하고 전장 유전체 염기서열분석을 가능하게 하는 통합 워크플로우의 일부입니다. 호흡기 감염 및 동시 감염을 식별하고, 항균제 내성 표지자를 검출하며, 바이러스 진화 및 전파를 연구하기 위해 주요 병원체(SARS-CoV-2 및 Flu A/B 바이러스)의 균주 유형 분석을 실시한다.
기기 MiSeq 시스템, iSeq 100 시스템, NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, NextSeq 1000 시스템, MiSeqDx(Research Mode), MiniSeq 시스템, NextSeq 550Dx(Research Mode), NovaSeq 6000Dx(Research Mode), NextSeq 500 시스템, NovaSeq 6000 시스템 MiSeq 시스템, iSeq 100 시스템, NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, NextSeq 1000 시스템, MiSeqDx(Research Mode), MiniSeq 시스템, NextSeq 550Dx(Research Mode), NovaSeq 6000Dx(Research Mode), NextSeq 500 시스템, NovaSeq 6000 시스템, MiSeq i100 시스템, MiSeq i100 Plus 시스템 MiSeq 시스템, NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, NextSeq 1000 시스템, MiniSeq 시스템 MiSeq 시스템, NextSeq 550 시스템, MiniSeq 시스템, MiSeq i100 시스템, MiSeq i100 Plus 시스템
방법 앰플리콘 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱 앰플리콘 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱 전장 유전체 시퀀싱, 표적 인리치먼트 표적 DNA 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱, 표적 인리치먼트
멀티플렉싱 NextSeq의 384-plex NovaSeq의 384-plex iSeq System의 8-플렉스 MiSeq System의 30–48 플렉스 MiniSeq 시스템의 48-plex 고유한 듀얼 인덱스(unique dual index)를 사용하여 한 번의 런으로 최대 384개 샘플 고유한 듀얼 인덱스(unique dual index)를 사용하여 한 번의 런으로 최대 384개 샘플
핵산 종류 RNA RNA RNA DNA, RNA
샘플 유형 세부 정보 비인두, 구인두, 중비갑개 비강 면봉 검체  비인두, 구인두, 중비갑개 비강 면봉 검체 
종 카테고리 바이러스 바이러스 바이러스 진균, 바이러스, 세균
종 세부 사항 SARS-CoV-2(SARS-CoV-2_ MN908947v3) SARS-CoV-2(SARS-CoV-2_ MN908947v3) 호흡기 병원체(180+ 세균, 50+ 진균, SARS-CoV-2를 포함한 40+ 바이러스) 및 항균 내성 대립유전자(1200+)를 검출한다.
가닥 특이성 비가닥(Non-stranded) 비가닥(Non-stranded) 비가닥(Non-stranded)
기술 시퀀싱 시퀀싱 시퀀싱 시퀀싱

선택 도구:

Library Prep and Array Kit Selector

Find the right sequencing library preparation kit or microarray for your needs. Filter by method, species, and more. Compare, share, and order kits.

그림 자료

유전체 커버리지 성능

리드 길이 및 깊이의 함수로서 성능을 플롯팅하는 열 지도는 싱글 리드에 비해 페어드 엔드 리드(paired-end·reads)로 상당한 개선을 보여줍니다. 신뢰도가 >0.99인 유전체 비율을 보여주며, 1에 가까운 값은 SARS-CoV-2 유전체의 보다 완전한 커버리지를 나타냅니다. 

자주 묻는 질문

COVIDSeq Test(RUO 버전)는 NovaSeq 6000 Sequencing System용입니다. 이 제품은 iSeq 100, MiniSeq, MiSeq, MiSeqDx 연구 모드, NextSeq 500, NextSeq 550, NextSeq 550Dx 연구 모드, NextSeq 1000 또는 NextSeq 2000 시스템에서도 실행할 수 있습니다.

주요 차이점은 각 assay가 실행할 수 있는 샘플 수입니다. COVIDSeq Assay(96개 샘플)는 소규모 연구 검사실을 수용하기 위해 Illumina 벤치탑 시퀀싱 시스템에서 96개의 샘플을 실행합니다. 반면에, COVIDSeq Test(RUO)는 NovaSeq 6000 시스템 또는 NextSeq 시퀀싱 시스템 라인에서 최대 3,072개의 샘플을 실행합니다.

ARTIC v3 프라이머 풀은 COVIDSeq 검사(RUO) 키트에 포함되어 있습니다. 여기에는 SARS-CoV-2의 원래 균주에 대해 설계된 98개의 앰플리콘 및 11개의 인간 유전자에 대한 프라이머가 포함되어 있습니다. 선택적 ARTIC v4 풀에는 델타 변이에 대해 설계된 99개의 앰프리콘과 인간 대조물질이 포함되어 있지 않다. 스파이크 단백질 유전좌위 전반에 걸쳐 유전체 커버리지를 개선하고 SARS-CoV-2 변이 검출을 위한 분석 민감도를 개선합니다. 기술 노트 읽기.

/ 건

NovaSeq X 시리즈 주문

발전된 화학 반응, 광학, 정보학이 결합되어 뛰어난 시퀀싱 속도와 데이터 품질, 뛰어난 처리량과 확장성을 제공합니다.

MiSeq Reagent Kit v3

클러스터 밀도와 판독 길이를 높여 최적화된 시약 키트로 이전 버전에 비해 시퀀싱 품질 점수가 향상되었습니다.

TruSight Oncology 500

모든 주요 변이 클래스와 FFPE 조직에서 추출한 유전자 시그니처(TMB, MSI 및 HRD)를 다루는 대형 전체 고형암 패널을 통해 CGP를 지원합니다.

Illumina DNA Prep

다양한 시퀀싱 애플리케이션에 사용할 수 있는 빠르고 통합된 라이브러리 준비 워크플로우입니다.

COVIDSeq Assay (96개 샘플)

이 저처리량 내지 중간 처리량 NGS assay를 통해 모든 규모의 검사실은 새로운 SARS-CoV-2 변이의 출현 및 유병률을 식별하고 추적할 수 있습니다.

Pan-Coronavirus Panel

이 패널은 인간과 동물 저장소에서 얻은 225종의 알려진 신종 코로나바이러스에 대한 특성 규명과 유전체 감시 시스템을 지원합니다.

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