NovaSeq X 시리즈 주문
발전된 화학 반응, 광학, 정보학이 결합되어 뛰어난 시퀀싱 속도와 데이터 품질, 뛰어난 처리량과 확장성을 제공합니다.
DRAGEN 2차 분석은 모든 규모의 검사실에서 유전체 데이터로 더 많은 작업을 수행할 수 있는 고성능 바이오인포매틱스 소프트웨어 제품군입니다.
Illumina DRAGEN 2차 분석 주문
DRAGEN 2차 분석을 통해 유전체학 인사이트를 극대화하고, 최신 업데이트에 대해 알아보고, FAQ를 읽고, 제품 지원을 찾아보세요.
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제품 제공 여부
개요
주요 기능
유전체 분석의 과제 극복
확장성이 뛰어난 DRAGEN 분석은 정확도를 떨어뜨리거나 바이오인포매틱스 인프라에 대한 대규모 투자 필요 없이 긴 컴퓨팅 시간을 해결하고 방대한 데이터 세트를 처리합니다. FPGA(Reconfigurable field-programmable gate array technology)는 다양한 분석 알고리즘의 하드웨어 가속 구현을 제공합니다.
광범위한 애플리케이션 및 파이프라인 액세스
DRAGEN 앱 및 파이프라인은 Illumina Connected Analytics 및 BaseSpace Sequence Hub를 통해 안전하고 규정을 준수하는 클라우드 환경에서 사용할 수 있습니다. 일부 파이프라인은 온프레미스 서버와 온보드를 통해 사용할 수 있으며, NovaSeq X 시리즈, NextSeq 1000 및 NextSeq 2000 시스템, MiSeq i100 시리즈에서도 사용할 수 있습니다.
DRAGEN Server를 통해 온프레미스에서 Connected Insights를 사용하여 DRAGEN 분석 파이프라인과 체세포(somatic) 종양학 변이 해석을 원활하게 통합합니다.
사양
| Description | DRAGEN secondary analysis can be used to analyze data from any Illumina sequencing instrument. Certain pipelines are available onboard the NovaSeq X Series, NextSeq 1000 and NextSeq 2000 Systems, and the MiSeq i100 Series. |
|---|---|
| 기기 | MiSeq 시스템, iSeq 100 시스템, NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, NextSeq 1000 시스템, MiniSeq 시스템, NovaSeq X 시스템, NovaSeq X Plus 시스템, MiSeq i100 Plus 시스템, MiSeq i100 시스템 |
| 소프트웨어 포맷 | 온프레미스, 클라우드, 온보드 |
| 기술 | 시퀀싱 |
소프트웨어 업데이트
이제 MiSeq i100 시리즈 온보드에서 DRAGEN을 사용할 수 있습니다.
*샘플 권장사항에 따라 실행하는 경우
DRAGEN v4.3은 이제 온프레미스 및 온클라우드에서 사용할 수 있습니다.
DRAGEN v4.2는 이제 NextSeq 1000 및 NextSeq 2000 시리즈에서 온보드로 사용 가능합니다.
이제 NovaSeq X 시리즈에서 DRAGEN을 사용할 수 있습니다
애플리케이션
DRAGEN secondary analysis 애플리케이션은 전장 유전체 염기서열 분석, 엑솜 염기서열 분석, 단일 세포 RNA-Seq 및 메틸화 분석을 포함하여 단일 플랫폼에서 많은 실험 유형에 대한 포괄적인 커버리지를 제공합니다.
NGS 분석용 소프트웨어 솔루션
Lab
유전체학 검사실을 위한 효율적인 샘플 추적 및 워크플로우 관리.
실행
간소화된 클라우드 기반 런 설정 및 모니터링.
이 소프트웨어는 시퀀싱 런 생성, 런 상태 모니터링, 데이터 분석에 적합하고 사용이 용이한 통합 솔루션을 제공합니다.
분석
DRAGEN secondary analysis
정확하고, 포괄적이며, 효율적인 NGS 데이터 분석.
Illumina Connected Analytics를 통해 인포매틱스을 운영하고 과학적 인사이트을 촉진하세요. 가격, 구독 등에 대한 정보는 Illumina에 문의하세요.
BaseSpace Sequence Hub는 일반적인 Illumina 시퀀싱 방법을 위한 다양한 NGS 데이터 분석 앱을 제공합니다.
인사이트
Emedgene은 희귀 질환 유전체학 및 기타 생식세포 연구 애플리케이션을 위한 3차 분석 워크플로우를 간소화합니다.
고도로 엄선된 오믹스 데이터로 생물학적인 맥락에 비공개 데이터를 맞추는 상호적 오믹스 지식 기반 및 데이터 검색 엔진입니다.
관련 애플리케이션 및 방법
전장 유전체 시퀀싱은 검색 애플리케이션에 이상적인 종합적인 관점을 제시합니다. 최신 유전체 시퀀서는 그 어느 때보다 빠르게 WGS를 수행합니다.
전장 엑솜 시퀀싱은 유전체의 단백질 코딩 영역을 조사하여 질환이나 인구집단 건강 상태에 유전체가 미치는 영향을 밝히는 데 사용됩니다.
RNA-Seq은 차세대 시퀀싱을 사용하여 전사체 전체에 걸쳐서 발현을 분석함으로써, 과학자들이 기존에 알려진 특징 또는 새로운 특징을 포착하고 RNA를 정량화할 수 있게 해 줍니다.
주요 DRAGEN 애플리케이션 및 가용성
| 응용법 | DRAGEN On-Premises Server | NovaSeq X 시리즈 | NextSeq 1000/2000 | MiSeq i100 시리즈 | BaseSpace Sequence Hub | Illumina Connected Analytics |
|---|---|---|---|---|---|---|
| BCL Convert | checkmark
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맞춤형만 해당
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| DRAGEN ORA Compression | checkmark
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맞춤형만 해당
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| DRAGEN FASTQ + MultiQC | checkmark
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Library QC 앱에서 지원
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| Whole genome | 생식세포 +체세포 | 생식세포 +체세포 | 생식세포만 해당 | 생식세포 + 체세포 | 생식세포 + 체세포 | |
| 인리치먼트(엑솜 포함) | 생식세포 + 체세포 | 생식세포 + 체세포 | 생식세포 + 체세포 | 생식세포 + 체세포 | 생식세포 + 체세포 | |
| DRAGEN Amplicon | checkmark
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DNA만 해당 | checkmark
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| RNA | checkmark
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| Single-Cell RNA | checkmark
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| NanoString GeoMx NGS(공간 전사체학) | checkmark
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| 메틸레이션 | checkmark
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| 메타지노믹스 | checkmark
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| COVID, IMAP, IMAP-FLU | checkmark
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| TruSight Oncology 500 포트폴리오 | checkmark
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| ScATAC-Seq(전위효소 접근 가능 크로마틴에 대한 단일세포 시퀀싱 assay) | checkmark
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| 대치(imputation) | checkmark
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| PGx Star Allele Caller | checkmark
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| Illumina Complete Long Read | checkmark
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| VSP, RVEK, RPIP, UPIP | checkmark
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Beta | ||
| 소형 WGS | checkmark
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*Kmer 분류기에 의해 활성화된 MetLifenomics 애플리케이션. 더 많은 도구가 곧 제공될 예정입니다.
Core DRAGEN 버전은 플랫폼에 따라 다릅니다. 자세한 내용은 현지 담당자에게 문의하세요.
| 파이프라인 | 설명 | 변이 유형 검출됨 | 메트릭 제공됨 |
|---|---|---|---|
| DRAGEN Demultiplexing | NGS 분석의 신속한 디멀티플렉싱 수행 | 해당 없음 | 해당 없음 |
| DRAGEN ORA Compression | FASTQ 파일의 높은 압축 비율에 최적화되었으며 신속한 압축 및 압축 해제와 동시에 데이터 무결성 보존. | 해당 없음 |
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| DRAGEN Map + Align | 독립형 또는 DRAGEN 파이프라인 제품군의 일부로 런 가능 | 해당 없음 |
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| DRAGEN Germline | Illumina Expansion Hunter를 통해 향상된 정확성 및 반복 확장 검출 및 유전형 분석을 위한 고급 오류 모델 교정 등의 엔드투엔드 NGS 분석을 제공합니다. |
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| DRAGEN Somatic | 종양 샘플의 체세포 변이 검출을 위해 설계된 tumor-only 및 tumor–normal 모드가 포함됩니다. 두 모드 둘 다 배수성을 가정하지 않으므로 저빈도 대립 유전자 검출이 가능합니다. |
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| DRAGEN 인리치먼트 | DRAGEN의 생식세포 및 체세포 콜러를 인리치먼트 샘플 분석을 위해 특이적으로 설계된 하나의 파이프라인으로 결합합니다. 전체 인리치먼트 메트릭스 및 보고 제품군을 포함합니다. |
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| DRAGEN RNA | 스플라이스 접합부 발견 및 정렬부터 시작하여 신속한 정렬 및 스플라이스 접합부 매핑 및 정량화에 이르는 전사체 분석 수행. (차등 발현의 경우, BaseSpace Sequence Hub에서 DRAGEN Differential Expression 앱을 사용해 보세요). |
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| DRAGEN Single Cell RNA | 디멀티플렉싱, 세포 바코드 및 UMI 오류 수정, 시퀀스 정렬 및 유전자 발현 정량화를 수행합니다. | 해당 없음 |
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| DRAGEN Joint Genotyping | 여러 유전체 전반에 걸쳐 공동으로 변이를 검출하고 가속화된 속도와 타협하지 않은 정확성으로 대규모 샘플 코호트로 확장됩니다. |
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| DRAGEN Methylation | 정렬 및 메틸 콜링 수행. 정렬 및 메틸레이션 메트릭 계산 | 해당 없음 |
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| DRAGEN Reference Builder | FASTA 파일을 허용하고 DRAGEN 앱이 사용하는 독점적 참조를 구축합니다. | 해당 없음 | 해당 없음 |
| DRAGEN TruSight Oncology 500 ctDNA 분석 소프트웨어 | TruSight Oncology 500 ctDNA를 위한 2차 분석 지원을 제공합니다. 로컬 DRAGEN Server(버전 3)에서만 사용 가능합니다. |
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| DRAGEN Imputation | 엔드투엔드 사용이 용이한 도구로 확장 가능한 로우 패스 전장 유전체 시퀀싱 분석을 지원합니다. |
|
해당 없음 |
/
건
제도 및 가격
DRAGEN 2차 분석에는 온프레미스 서버에 대한 1년 라이선스 구매가 필요합니다. 모든 라이선스 유형은 100,000 GB(레벨 1)~2,000,000 GB(레벨 5)의 처리량으로 다섯 가지 수준으로 제공됩니다.
DRAGEN 라이선스 및 온보드 하드웨어가 Illumina 시퀀싱 시스템 구매에 포함되어 있습니다. BaseSpace Sequence Hub 또는 Illumina Connected Analytics를 통해 클라우드에서 DRAGEN을 배포하는 경우, 데이터를 저장하고 분석하려면 연간 구독과 추가 iCredit을 구매해야 합니다.
문서
제품 관련 자료
그림
DRAGEN 파이프라인의 유연성
DRAGEN 분석은 다양한 입력 파일을 삽입하고 다양한 출력 문서를 생성할 수 있는 유연성을 제공합니다. 사용자는 자신의 경험을 맞춤화하고 원하는 파일 형식을 사용 및 생성할 수 있습니다. 실제 단계는 각 파이프라인마다 다릅니다.
멀티플랫폼 접근성
DRAGEN 분석 파이프라인 액세스 옵션은 모든 검사실의 NGS 분석 요구에 맞게 설계된 기능을 갖추고 있습니다.
Illumina 클라우드 플랫폼에서의 DRAGEN 분석
Illumina Connected Analytics의 DRAGEN 분석은 DRAGEN 2차 분석의 정확성과 속도를 맞춤화한 분석 파이프라인과 결합하여 안전한 플랫폼에서 인포매틱스를 운영합니다.
BaseSpace Sequence Hub의 DRAGEN 분석은 BaseSpace Sequence Hub의 보안 규정 준수 및 데이터 보관 기능을 갖춘 직관적이고 사용하기 쉬운 인터페이스의 버튼 조작만으로 수행 가능한 분석 기능을 제공합니다.
예제 데이터 세트 살펴보기
BaseSpace Sequence Hub에서 다양한 방법에 대한 샘플 데이터 세트를 확인하거나 관심 있는 DRAGEN 이차 분석 앱을 테스트하고 대화형으로 결과를 평가합니다. DRAGEN 분석과 관련된 데이터를 보려면 페이지 내에서 "dragen"을 검색해 보세요.
자원
Illumina DRAGEN 2차 분석 소개
DRAGEN은 NGS 데이터에 대한 정확하고 포괄적이며 효율적인 2차 분석을 제공합니다.
NGS로 고양이 유전학 개척
Zoetis 자회사인 Basepaws는 DRAGEN 2차 분석을 활용하여 고양이 소유주에게 애완동물의 건강에 대한 인사이트를 제공하는 소비자 직접 판매용 DNA 키트를 개발합니다.
Kazusa DNA Research Institute: DRAGEN이 복잡한 식물 유전체에 대한 분석 시간을 단축하는 방법
Sachiko Isobe 박사는 DRAGEN 2차 분석이 기존 방법의 약 1/40로 단축된 시간으로 대규모 식물 유전체 분석을 완료한 방법을 공유합니다.
호주의 코알라 보존 프로그램은 종을 보존하기 위해 전장 유전체 시퀀싱을 사용합니다
시드니 대학교의 연구자들은 DRAGEN 분석을 사용하여 희귀하고 멸종 위기에 처한 종의 WGS를 강화하여 보존 계획을 알립니다.
GeneDx: DRAGEN을 통한 운영 성장 지원
GeneDx의 최고 혁신 책임자인 Kyle Retterer는 회사가 어떻게 DRAGEN Server를 기존 온프레미스 솔루션에 원활하게 통합하여 비용을 절감하고 처리 시간을 단축했는지 자세히 설명합니다.
두 대의 DRAGEN 덕분에 Cardio-CARE는 1페타바이트 규모의 데이터를 처리하여 함부르크에서 심장병을 더 잘 이해할 수 있게 되었습니다.
Illumina DRAGEN Server v4
20051343
Includes Avance Exchange support for the first year. Requires purchase of annual DRAGEN license.
List Price:
Discounts:
DRAGEN Server Lvl 1 1 year License
20060397
Throughput of 100,000 Gb for on-premise Server
DRAGEN Server Lvl 2 1 year License
20060398
Throughput of 250,000 Gb for on-premise Server
DRAGEN Server Lvl 3 1 year License
20060399
Throughput of 500,000 Gb for on-premise Server
DRAGEN Server Lvl 4 1 year License
20060400
Throughput of 1,000,000 Gb for on-premise Server
DRAGEN Server Lvl 5 1 year License
20060401
Throughput of 2,000,000 Gb for on-premise Server
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자주 묻는 질문
DRAGEN은 다중 유전체 기준 및 머신 러닝 알고리즘을 포함한 다양한 첨단 기술을 통해 높은 정확도를 달성합니다. 자세한 내용은 생식세포 소규모 변이 콜의 정확도 향상에 대한 기술 문서를 참조하세요.
DRAGEN 분석은 고도로 재구성 가능한 필드 프로그래밍 가능 게이트 어레이(FPGA)를 사용하여 유전체 분석 알고리즘의 하드웨어 가속 구현을 제공합니다. 알고리즘은 거의 즉각적인 출력을 제공하는 로직 회로로 구현됩니다. FPGA는 병렬로 작업을 수행할 수 있으므로 CPU 기반 시스템의 경우와 마찬가지로 노드에 의존하지 않습니다.
아니요, DRAGEN 분석은 DRAGEN Server에서만 실행할 수 있습니다. 또한 사용자에게는 라이선스 사용을 특정 서버에 연결하는 독립 라이선스가 발급됩니다.
BaseSpace Sequence Hub DRAGEN 앱은 온사이트 DRAGEN Server에서 발견되는 파이프라인을 모방하며 온사이트 파이프라인(앱과 동일한 소프트웨어 버전)과 동일한 결과를 생성해야 합니다. 그러나, 온사이트 DRAGEN Server에서 이용 가능한 일부 파이프라인 및 소프트웨어 버전은 BaseSpace DRAGEN 앱으로 이용 가능하지 않을 수 있습니다. 필요에 따라 BaseSpace DRAGEN 앱으로 현장 파이프라인을 출시하기 위한 노력이 이루어지고 있습니다.
DRAGEN 분석은 물리적 DRAGEN 시스템과 클라우드 기반 DRAGEN 시스템 간의 안전한 데이터 전송을 통해 온사이트 또는 호스팅된 형태로 또는 둘의 하이브리드 형태로 이용할 수 있습니다. 하이브리드 솔루션은 더 높은 분석 용량이 필요할 때 클라우드에서 워크플로우를 확장할 수 있는 유연성을 사용자에게 제공합니다.
DRAGEN 분석 시스템은 한 번에 한 명의 사용자만 사용할 수 있습니다. 여러 사용자를 처리하는 가장 좋은 방법은 사용자로부터 작업을 수락하고 DRAGEN 소프트웨어로 처리할 수 있도록 대기열에 넣을 수 있는 작업 대기열 도구를 사용하는 것입니다. 이 도구는 한 번에 하나의 작업으로 DRAGEN 소프트웨어를 콜한 다음 작업이 완료되면 사용자에게 알립니다. DRAGEN 분석은 Slurm 또는 LSF(Load Sharing Facility) 스케줄러와 함께 사용하면 여러 사용자를 관리하는 데 효과적입니다.
온사이트 및 클라우드 분석을 위해 DRAGEN은 사용 가능한 모든 FPGA 및 CPU 리소스를 사용하여 한 번에 하나의 샘플을 처리합니다. 일반적으로 런 타임은 매우 빠르므로 하나의 DRAGEN Server가 NovaSeq 6000 시스템 런(run)을 쉽게 따라잡을 수 있습니다. 많은 NovaSeq 6000 시스템을 사용한 대규모 WGS 처리의 경우 추가 DRAGEN Server가 필요할 수 있습니다. 또한 각 인스턴스가 하나의 샘플을 처리하는 클라우드에서 병렬로 많은 DRAGEN 인스턴스를 예약할 수 있습니다.
현재 기기 내 DRAGEN은 NextSeq 1000/2000 및 NextSeq X에서 사용할 수 있으며 추가 라이선스가 필요하지 않습니다. 기기 내 애플리케이션 및 기능은 기기별로 다르며 기기 내에서 사용할 수 있는 기능과는 다릅니다. 자세한 내용은 애플리케이션 표를 참조하세요.
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건
MiSeq Reagent Kit v3
클러스터 밀도와 판독 길이를 높여 최적화된 시약 키트로 이전 버전에 비해 시퀀싱 품질 점수가 향상되었습니다.
TruSight Oncology 500
모든 주요 변이 클래스와 FFPE 조직에서 추출한 유전자 시그니처(TMB, MSI 및 HRD)를 다루는 대형 전체 고형암 패널을 통해 CGP를 지원합니다.
Illumina DNA Prep
다양한 시퀀싱 애플리케이션에 사용할 수 있는 빠르고 통합된 라이브러리 준비 워크플로우입니다.
BaseSpace Sequence Hub 주문
BaseSpace Sequence Hub에서 런을 관리하고, 시퀀싱 데이터를 분석, 보관 및 공유하세요. 애플리케이션, 구독 옵션 및 문서를 찾아보세요.
Illumina Connected Analytics 주문하기
Illumina Connected Analytics를 통해 인포매틱스을 운영하고 과학적 인사이트을 촉진하세요. 가격, 구독 등에 대한 정보는 Illumina에 문의하세요.
Clarity LIMS 소프트웨어
유전체학 검사실이 샘플을 추적하고 워크플로우를 효율적이고 안전하게 관리할 수 있도록 지원하는 고도로 맞춤화된 검사실 정보 관리 시스템.
참고 문헌
- Miller NA, Farrow EG, Gibson M, et al. A 26-hour system of highly sensitive whole genome sequencing for emergency management of genetic diseases. Genome Med. 2015;7:100. doi: 10.1186/s13073-015-0221-8
- Illumina. DRAGEN sets new standard for data accuracy in PrecisionFDA benchmark data. Optimizing variant calling performance with Illumina machine learning and DRAGEN graph. https://www.illumina.com/science/genomics-research/articles/dragen-shines-again-precisionfda-truth-challenge-v2.html. Accessed March 22, 2023.
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