Illumina FFPE DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment는 FFPE(포르말린 고정, 파라핀 포매) 샘플에서 저빈도 변이를 검출하기 위한 종양-정상 워크플로우를 제공하는 민감하고 포괄적인 전장 엑솜 시퀀싱 솔루션입니다.
워크플로우에는 오류 수정 및 위양성 감소를 위한 고유한 분자 식별자(UMI)가 포함되어 있어 저빈도 돌연변이를 정확하게 검출할 수 있습니다.
Illumina FFPE DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment
저입력 샘플을 지원하는 빠르고 유연하며 확장 가능한 인간 전장 엑솜 시퀀싱 솔루션.
~10 hr
Assay 시간
40 ng FFPE
사용량
개요
주요 기능
고성능 라이브러리 프렙
Illumina FFPE DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment는 단일 염기서열 변이(SNV), 삽입/결실 및 복제수 변이(CNV)를 포함한 저빈도 변이를 검출합니다. 이 키트는 90%를 초과하는 변이 재현율로 40 ng FFPE DNA만으로 대립유전자 빈도가 5%에 불과한 작은 변이를 식별합니다. Twist Biosciences for Illumina Exome 2.5 Panel 콘텐츠에는 종양 돌연변이 부담(TMB), 현미부수체 불안정성(MSI) 및 상동 재조합 결핍(HRD)을 위한 바이오마커가 포함되어 있습니다.
간소화된 샘플-인사이트 워크플로우
이 키트는 종양 및 상응하는 정상 샘플의 FFPE DNA로 시작하는 통합된 워크플로우의 일부입니다. Illumina 시퀀싱 후, DRAGEN Somatic 앱을 사용하여 매우 정확한 변이 검출을 획득하세요.
빠르고 확장 가능
Illumina FFPE DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment는 약 10시간 내에 시퀀싱 준비 라이브러리를 준비하기 위한 빠른 하이브리드 캡처 워크플로우를 제공하며, 수작업 시간은 4시간에 불과합니다. 연구자들은 추출된 FFPE DNA를 하루 안에 시퀀싱할 수 있습니다. 권장 리드 길이(read length)는 2 × 151 bp입니다.
집중적이고 포괄적인 커버리지
이 키트는 집중적이고 포괄적인 최신 패널을 사용하여 시퀀싱 결과를 극대화하고 엑솜에 대한 철저한 커버리지를 제공합니다.
미토콘드리아 및 맞춤형 스파이크인 인리치먼트 옵션
Illumina 맞춤형 v2 프로브는 최대 10,000개의 프로브가 있는 스파이크인 패널을 사용하여 미토콘드리아 유전체 커버리지 또는 관심 영역을 추가하기 쉽게 만듭니다.
cfDNA 및 FFPE 샘플에 대한 동일한 워크플로우
Illumina FFPE DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment는 Illumina Cell-Free DNA with Enrichment와 동일한 라이브러리 프렙 및 인리치먼트 chemistry가 특징이므로 FFPE 샘플에서 탁월한 성능을 발휘할 수 있습니다.
사양
| Assay time | ~10 hr |
|---|---|
| 암 종류 | 고형암 |
| Description | A fast and easy-to-use library prep with an enrichment tumor–normal workflow for accurate and comprehensive whole-exome sequencing and reliable detection of low-frequency mutations from FFPE samples. |
| Hands-on time | ~4 hr |
| Input quantity | 40 ng FFPE DNA |
| 기기 | NextSeq 2000 시스템, NovaSeq X 시스템, NovaSeq 6000 시스템, NovaSeq X Plus 시스템 |
| 방법 | 엑솜 시퀀싱 |
| 핵산 종류 | DNA |
| 특수 샘플의 종류 | 사용량이 적은 샘플, FFPE 조직 |
| 종 카테고리 | 인간 |
| 기술 | 시퀀싱 |
| 변이 클래스 | 단일 염기 다형성(SNP), 체세포 변이, 단일 염기서열 변이(SNV), 삽입 결실(Indel), 유전자 복제수 변이(CNV) |
애플리케이션
Illumina FFPE DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment는 FFPE DNA를 포함한 저입력 샘플을 지원하는 포괄적이고 간소화된 샘플-인사이트 전장 엑솜 시퀀싱 솔루션입니다.
워크플로우 예시
준비
시퀀싱
분석
비교하기
| Illumina FFPE DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment | Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment | TruSight Oncology 500 v2 | Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichment | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Assay time | ~10 hr | 6.5시간 | 3–4 days from sample input to final results | 약 8.5~9.5시간 | |
| 암 종류 | 고형암 | 전체 고형암, 고형암 | |||
| Description | A fast and easy-to-use library prep with an enrichment tumor–normal workflow for accurate and comprehensive whole-exome sequencing and reliable detection of low-frequency mutations from FFPE samples. | 비용 효율적이고 안정적인 인간 전장 엑솜 시퀀싱을 위한 최신 엑솜 콘텐츠의 집중 인리치먼트 프로브 패널을 사용하는 인리치먼트 워크플로우가 포함된 빠르고 사용하기 쉬운 라이브러리 준비입니다. | Enables comprehensive genomic profiling of solid tumors using DNA and RNA from FFPE tissue. Provides variant detection and biomarker assessment from a single sample for broad tumor characterization. | A fast, flexible, and scalable cfDNA library preparation kit for highly accurate mutation detection | |
| Hands-on time | ~4 hr | ~2시간 | ~7 hrs for manual workflow | 약 2.5~3시간 | |
| Input quantity | 40 ng FFPE DNA | 고품질 genomic DNA 50~1,000 ng(직접 혈액 및 타액의 경우, 참조 가이드 확인) | 30 ng DNA (as low as 10 ng), 40 ng RNA (as low as 20 ng) | 세포유리 DNA 10~30 ng | |
| 기기 | NextSeq 2000 시스템, NovaSeq X 시스템, NovaSeq 6000 시스템, NovaSeq X Plus 시스템 | NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, NextSeq 1000 시스템, NextSeq 550Dx(Research Mode), NovaSeq X 시스템, NovaSeq 6000 시스템, NovaSeq X Plus 시스템 | NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, NextSeq 1000 시스템, NextSeq 550Dx(Research Mode), NovaSeq X 시스템, NovaSeq 6000Dx(Research Mode), NovaSeq 6000 시스템, NovaSeq X Plus 시스템 | NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, NextSeq 1000 시스템, NextSeq 550Dx(Research Mode), NovaSeq X 시스템, NovaSeq 6000Dx(Research Mode), NovaSeq 6000 시스템 | |
| 방법 | 엑솜 시퀀싱 | 표적 DNA 시퀀싱, 엑솜 시퀀싱, 표적 인리치먼트 | 표적 DNA 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱, 표적 인리치먼트 | 커스텀 시퀀싱, 표적 DNA 시퀀싱, 표적 인리치먼트 | |
| 핵산 종류 | DNA | DNA | DNA, RNA | DNA | |
| 특수 샘플의 종류 | 사용량이 적은 샘플, FFPE 조직 | 혈액, 타액 | FFPE 조직 | 세포유리 DNA | |
| 종 카테고리 | 인간 | 인간 | 인간 | 인간 | |
| 기술 | 시퀀싱 | 시퀀싱 | 시퀀싱 | 시퀀싱 | |
| 변이 클래스 | 단일 염기 다형성(SNP), 체세포 변이, 단일 염기서열 변이(SNV), 삽입 결실(Indel), 유전자 복제수 변이(CNV) | 단일 염기 다형성(SNP), 이형접합성 소실(LOH), 체세포 변이, 생식세포 변이, 삽입 결실(Indel), 유전자 복제수 변이(CNV) | 유전자 융합, 이형접합성 소실(LOH), 체세포 변이, 전사물 변이, 단일 염기서열 변이(SNV), 삽입 결실(Indel), 유전자 복제수 변이(CNV), Tumor mutational burden (TMB), Genomic instability score (GIS), Microsatellite instability (MSI), 새로운 전사물, 단일 염기 다형성(SNP), 구조적 변이 | 유전자 융합, 체세포 변이, 단일 염기서열 변이(SNV), 삽입 결실(Indel), 유전자 복제수 변이(CNV) |
선택 도구:
필수 제품
Illumina FFPE DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment에는 라이브러리 프렙과 인리치먼트 시약이 포함됩니다. 인리치먼트 프로브 패널과 인덱스 어댑터는 Illumina를 통해 별도로 판매됩니다(아래 참조).
DRAGEN Enrichment 및 Somatic에서 2차 데이터를 분석하려면 다음이 필요합니다.
- 로컬 분석을 위한 DRAGEN 서버 라이선스, 또는
- 클라우드 분석을 위한 Illumina Connected Analytics 및 iCredit 구독, 또는
- 클라우드 분석을 위한 BaseSpace Sequence Hub 및 iCredits 구독
- Illumina UMI DNA/RNA UD v3 Indexes Set A 및 B
Twist Bioscience for Illumina Exome 2.5 Panel은 전장 엑솜 시퀀싱을 위한 균일한 커버리지를 지원하는 포괄적인 최신 Exome Panel입니다.
Twist Bioscience for Illumina Mitochondrial Panel은 미토콘드리아 DNA 변이의 인리치먼트 및 시퀀싱을 가능하게 하는 선택적 고정 함량 스파이크인 패널입니다.
Illumina Custom Enrichment Panel v2는 DesignStudio Assay Design Tool을 사용하거나 Illumina Concierge 디자인 팀과 함께 스파이크인 패널로 사용할 수 있습니다.
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건
라이브러리 프렙 (5)
Illumina® Cell-Free and FFPE DNA Prep, Ligation (16 Samples)
20104105
Includes ligation-based library prep for preparation of 16 libraries with Illumina Qualified Automation Methods, or 24 libraries manually. Enrichment reagents and enrichment panel not included. UMI Index Adapters are purchased separately and required for library preparation. Choose based on prep method. Please note regarding data analysis: Cell-Free DNA: Analyze data on DRAGEN for ILMN Cell-Free DNA Prep with Enrichment App on Illumina Connected Analytics or BaseSpace Sequence Hub at no additional charges. Basic subscription to Cloud platform required. Data storage not included. FFPE DNA: Analysis on DRAGEN Enrichment and Somatic not included.
List Price:
Discounts:
Illumina® Cell-Free and FFPE DNA Prep, Ligation (96 Samples)
20104106
Includes ligation-based library prep for preparation of 96 libraries with Illumina Qualified Automation Methods, or 120 libraries manually. Enrichment reagents and enrichment panel not included. UMI Index Adapters are purchased separately and required for library preparation. Choose based on prep method. Please note regarding data analysis: Cell-Free DNA: Analyze data on DRAGEN for ILMN Cell-Free DNA Prep with Enrichment App on Illumina Connected Analytics or BaseSpace Sequence Hub at no additional charges. Basic subscription to Cloud platform required. Data storage not included. FFPE DNA: Analysis on DRAGEN Enrichment and Somatic not included.
List Price:
Discounts:
Illumina® Cell-Free and FFPE DNA Prep, Enrichment (16 Reactions)
20104107
Includes fast enrichment reagents for enrichment of Illumina Cell-Free and FFPE DNA Prep libraries for a total of 16 reactions with Illumina Qualified Automation Methods, or 24 reactions manually. Library preparation reagents and enrichment panel not included. UMI Index Adapters are purchased separately and required for library preparation. Choose based on prep method. Cell-Free DNA: 1-4 samples per reaction during enrichment. Analyze data on DRAGEN for ILMN Cell-Free DNA Prep with Enrichment on Illumina Connected Analytics or BaseSpace Sequence Hub at no additional charge. Basic subscription to Cloud platform required. Data storage not included. FFPE DNA: 4 samples per Whole Exome enrichment. Analysis on DRAGEN Enrichment and Somatic not included.
List Price:
Discounts:
Illumina® Cell-Free and FFPE DNA Prep with Enrichment, Ligation (192 Samples, 4-plex), Cloud Analysis
20104103
Includes ligation based library prep and fast enrichment reagents for preparation of 192 libraries using Illumina Qualified Automation Methods, or 240 libraries manually, using 4-plex enrichment (pooling of 4 libraries in a single enrichment reaction). UMI Index Adapters are purchased separately and required for library preparation. Choose based on prep method. Enrichment panel not included. Please note regarding data analysis: Cell-Free DNA: Analyze data on DRAGEN for ILMN Cell-Free DNA Prep with Enrichment on Illumina Connected Analytics or BaseSpace Sequence Hub at no additional charges. Basic subscription to Cloud platform required. Data storage not included. FFPE DNA: Analysis on DRAGEN Enrichment and Somatic not included.
List Price:
Discounts:
Illumina® Cell-Free and FFPE DNA Prep with Enrichment, Ligation (192 Samples, 4-plex), On-premises
20104104
Includes ligation based library prep and fast enrichment reagents for preparation of 192 libraries using Illumina Qualified Automation Methods, or 240 libraries manually, using 4-plex enrichment (pooling of 4 libraries in a single enrichment reaction). UMI Index Adapters are purchased separately and required for library preparation. Choose based on prep method. Enrichment panel not included.10,000 Gb, 1 yr DRAGEN Server License included. Illumina DRAGEN v4 Server required for Cell- free DNA analysis.
패널 (5)
Twist Bioscience® for Illumina Exome 2.5 Panel
20076914
Twist Bioscience for Illumina Exome 2.5 Panel provides 68 µl of material. When paired with Illumina FFPE DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment, this volume is sufficient for 20 enrichment reactions at 4- plex for manual workflow. Available by quote only, panel must be sold with library prep reagents. Request pricing for more details.
Twist Bioscience for Illumina Mitochondrial Panel
20093180
Twist Bioscience for Illumina Mitochondrial Panel can be used for combined enrichment of both human exome plus mitochondrial DNA from whole exome libraries. Provides 32 ul of material, sufficient for 96 samples when paired with Exome 2.5 Panel in the Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment kits (8 hybridization reactions at 12-plex with up to 4 ul oligo panel per reaction), or a minimum of 64 samples when paired with Exome 2.5 Panel in the lllumina FFPE DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment kit (16 hybridization reactions at 4-plex with 2 ul oligo panel per hybridization reaction).
List Price:
Discounts:
Illumina Custom Enrichment Panel V2 (32 µl, 120 bp)
20073953
Illumina Custom Enrichment Panel V2 enables 120 bp double-stranded custom panel design from 100 up to 1,000,000 probes using DesignStudio or Concierge Services and provides 32 µl of material (sufficient for 8 enrichment reactions when paired with Illumina DNA Prep with Enrichment). Library prep, enrichment, and index adapter reagents need to be ordered separately.
Illumina Custom Enrichment Panel V2 (384 µl, 120 bp)
20073952
Illumina Custom Enrichment Panel V2 enables 120 bp double-stranded custom panel design from 100 up to 1,000,000 probes using DesignStudio or Concierge Services and provides 384 µl of material (sufficient for 96 enrichment reactions when paired with Illumina DNA Prep with Enrichment). Library prep, enrichment, and index adapter reagents need to be ordered separately.
Illumina Custom Enrichment Panel V2 (1536 µl, 120 bp)
20111339
Illumina Custom Enrichment Panel V2 enables 120 bp double-stranded custom panel design from 100 up to 1,000,000 probes using DesignStudio or Concierge Services and provides 1536 µl of material (sufficient for 384 enrichment reactions when paired with Illumina DNA Prep with Enrichment). Library prep, enrichment, and index adapter reagents need to be ordered separately.
액세서리 제품 (6)
IDT® for Illumina® UMI DNA/RNA UD Indexes Set A, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)
20034701
UMI DNA Index Anchors (Plate = 20027219, Box = 20032119) + Nextera Compatible Unique Dual Index A (Sales Kit = 20027213, Plate = 20025019, Box = 20026121)
List Price:
Discounts:
IDT® for Illumina® UMI DNA/RNA UD Indexes Set B, Ligation (96 Indexes, 96 Samples)
20034702
UMI DNA Index Anchors (Plate = 20027219, Box = 20032119) + Nextera Compatible Unique Dual Index B (Sales Kit = 20027214, Plate = 20025080, Box = 20026930)
List Price:
Discounts:
IDT for Illumina UMI DNA/RNA Index Anchors Set A for Automation
20066404
Includes one box of 96 IDT for Illumina - UMI DNA/RNA UD Indexes Set A for Automation sufficient for labeling 96 samples and one box of 96 IDT for Illumina - UMI DNA Index Anchors for Automation.
List Price:
Discounts:
IDT for Illumina UMI DNA/RNA Index Anchors Set B for Automation
20063213
Includes one box of 96 IDT for Illumina - UMI DNA/RNA UD Indexes Set B for Automation sufficient for labeling 96 samples and one box of 96 IDT for Illumina - UMI DNA Index Anchors for Automation.
List Price:
Discounts:
Illumina UMI DNA/RNA UD v3 indexes Set A, Ligation (96 indexes, 96 Samples)
20126235
Includes one box of 96 Illumina DNA/RNA UD v3 Indexes Set A sufficient for labeling 96 samples and one box of 96 IDT for Illumina UMI DNA Index Anchors.
List Price:
Discounts:
Illumina UMI DNA/RNA UD v3 indexes Set B, Ligation (96 indexes, 96 Samples)
20126237
Includes one box of 96 Illumina DNA/RNA UD v3 Indexes Set B sufficient for labeling 96 samples and one box of 96 IDT for Illumina UMI DNA Index Anchors.
List Price:
Discounts:
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