NGS과 다른 분자 방법 비교
다른 분자 방법과 비교한 NGS의 장점
NGS는 더 넓은 시야에서 시작하여 연구의 범위와 영향력을 확장합니다
NGS의 주요 장점
탁월한 정확성과 편견 없는 관점 덕분에, 연구자들은 유전체학 연구의 규모와 발견 역량을 확장하기 위해 NGS로 전환하고 있습니다. 연구자들은 이제 한 번에 하나 또는 몇 개의 영역만 시퀀싱하는 데 국한되지 않고 실험 연구의 범위와 영향력을 확장할 수 있습니다.
NGS의 주요 이점:
- 속도와 고성능: 1회의 NGS 실험만으로도 수 천개의 표적 영역 전체에 걸쳐서 단일 염기 수준의 해상도로 변이를 식별할 수 있습니다.1-3
- 확장된 범위: NGS를 활용하여 더 넓은 범위의 분자 실체를 밝혀내어 새로운 약제 표적, 신호 네트워크 및 질병 표지자를 발견할 수 있습니다.2
- 편견 없는 연구: NGS는 여러개의 omes (멀티오믹스)의 편견 없는 접근을 가능하게 하여 생물학적 현상, 경로, 시스템에 대한 편견 없는 인사이트를 제공합니다.4
샘플 수가 많은 변이체 선별 검사의 경우, 기존 방법에 비해 수십에서 수천 개의 유전자를 시퀀싱하는 데 가장 효율적이고 비용 효과적인 접근 방식은 NGS입니다.
"완전히 새롭거나 특성화되지 않은 것을 연구할 때는 훨씬 더 큰 그림이 필요합니다. 우리 프로젝트에서는 어떤 메커니즘이 경로에 영향을 미치는지에 대한 불확실성이 많았습니다. 그리고 메커니즘에 대해 아는 것이 거의 없었기 때문에 NGS과 같은 광범위한 접근 방식을 사용하여 메커니즘 전체를 더 완벽하게 이해해야 했습니다."
기존 방식에 비해 NGS의 장점
NGS는 기존 방법보다 훨씬 적은 시간과 비용으로 방대한 양의 유전 물질을 시퀀싱할 수 있는 고성능 기능을 제공하므로 검사실에서 보다 심층적인 탐색이 가능합니다.2-5 다음과 같은 전통적인 분자생물학 방법과 NGS를 비교하여 자세히 알아보세요.
Illumina NGS는 기존 판독 및 카운팅 애플리케이션의 장점을 결합합니다. NGS로 단일 분석에서 전체 시퀀스를 식별하고 수천 개의 전사물의 발현 변화를 정량화할 수 있습니다.6-10
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연구에 NGS를 사용하는 것에 대해 궁금하신가요? 새로운 기술을 도입하는 것이 두렵게 느껴질 수 있기 때문에 NGS를 검사실에 도입하기 위한 포괄적이면서도 따라 하기 쉬운 가이드를 만들었습니다. 이 단계별 가이드에서 NGS 시작을 위한 방법, 워크플로우, 데이터 분석 솔루션 등에 대해 알아볼 수 있습니다.
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차세대 시퀀싱(NGS)이 적합하다고 판단되면 다음 단계는 수행하고자 하는 애플리케이션과 방법을 고려하고 예상 데이터 생성 및 애플리케이션 요구 사항에 맞는 기기를 선택하는 것입니다.
NGS 애플리케이션 및 방법
규모와 편향되지 않은 발견 역량 덕분에 연구자들은 다양한 기초 및 중개 연구 분야에서 NGS을 사용할 수 있습니다. 다양한 샘플의 종류를 사용하여 다양한 생물학적 시스템에 대한 심층적인 시각을 제공함으로써 연구 범위를 확장하고 가장 대담한 연구 애플리케이션에 대한 해답을 찾을 수 있습니다.
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관련 리소스
NGS 워크플로우
라이브러리 준비, 시퀀싱, 데이터 분석의 세 가지 주요 차세대 시퀀싱(NGS) 워크플로우 단계에 대해 알아보세요.
NGS 비용 고려 사항
기술 혁신 덕분에 NGS는 훨씬 더 저렴해졌습니다. 이러한 리소스는 모든 비용을 개략적으로 파악하고 실험 예산을 계획하는 데 도움이 됩니다.
NGS 튜토리얼 및 리소스
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참고문헌
- Myllykangas S and Hanlee JP. Targeted deep resequencing of the human cancer genome using next-generation technologies. Biotechnol Genet Eng Rev. 2010; 27: 135–158.
- The Scientist. Modern Multiomics: Why, How, and Where to Next? May 15, 2023. https://www.the-scientist.com/modern-multiomics-why-how-and-where-to-next-71113. Accessed May 22, 2023.
- Arteche-López A, Ávila-Fernández A, Romero R, et al. Sanger sequencing is no longer always necessary based on a single-center validation of 1109 NGS variants in 825 clinical exomes. Sci Rep. 2021;11(1):5697. Published 2021 Mar 11. doi:10.1038/s41598-021-85182-w
- Illumina. Advantages of next-generation sequencing vs. qPCR. https://www.illumina.com/science/ technology/next-generation-sequencing/ngs-vs-qpcr.html. Accessed May 22, 2023.
- Wolff HB, Steeghs EMP, Mfumbilwa ZA, et al. Cost-Effectiveness of Parallel Versus Sequential Testing of Genetic Aberrations for Stage IV Non-Small-Cell Lung Cancer in the Netherlands. JCO Precis Oncol. 2022;6:e2200201. doi:10.1200/PO.22.00201
- Illumina. High-impact discovery through gene expression and regulation research. https://www.illumina. com/content/dam/illumina-marketing/documents/gated/gene-expression-profiling-e-book-web.pdf. Accessed March 23, 2023.
- Conesa A, Madrigal P, Tarazona S, et al. A survey of best practices for RNA-seq data analysis [published correction appears in Genome Biol. 2016;17(1):181]. Genome Biol. 2016;17:13. Published 2016 Jan 26. Doi:10.1186/s13059-016-0881-8
- EMBL-EBI Training. Functional genomics II: Read mapping or alignment. https://www.ebi.ac.uk/training/ online/courses/functional-genomics-ii-common-technologies-and-data-analysis-methods/rnasequencing/performing-a-rna-seq-experiment/data-analysis/read-mapping-or-alignment/. Accessed May 22, 2023.
- Technology Networks Genomics Research. RNA-Seq: Basics, Applications, and Protocol. https:// www.technologynetworks.com/genomics/articles/rna-seq-basics-applications-and-protocol-299461. Published April 6, 2018. Accessed June 1, 2023.
- Ma F, Fuqua BK, Hasin Y, et al. A comparison between whole transcript and 3' RNA sequencing methods using Kapa and Lexogen library preparation methods. BMC Genomics. 2019;20(1):9. Published 2019 Jan 7. doi:10.1186/s12864-018-5393-3