RNA-Seq과 마이크로어레이의 기술 비교
RNA 시퀀싱과 마이크로어레이의 비교
RNA-Seq 기술은 전사체에 대한 비편향적 관점을 생성하고 마이크로어레이와 비교해 수많은 장점 제공합니다.
RNA-Seq 기술 개요
RNA 시퀀싱 (RNA-Seq) 기술은 모든 종에 대해 전사체(transcriptome)의 빠른 프로파일링과 심도깊은 조사를 가능하게 합니다. 이 접근법은 유전자 발현 연구에서 흔히 사용되는 기존 기술인 마이크로어레이(microarray) 분석과 비교해 수많은 장점을 제공합니다.
마이크로어레이와 비교 시 RNA-Seq의 장점
- 새로운 전사물 검출 능력: 어레이와 달리, RNA-Seq은 종 또는 전사물(transcript)에 특화된 프로브가 필요하지 않습니다. 이는 새로운 전사물, 유전자 융합, 단일 염기서열 변이(single-nucleotide variant, SNV) 및 일부 삽입/결실(insertion/deletion, Indel) 분석 및 어레이가 검출 불가능한 기타 이전에 알려지지 않은 변화를 검출할 수 있습니다.1,2
- 더 넓은 동적 범위: 어레이 하이브리드화 기술을 사용하면 유전자 발현 측정은 낮은 수준에서는 배경 잡음에 의해, 높은 수준에서는 신호 포화에 의해 제한됩니다. RNA-Seq 기술은 개별적인 디지털 시퀀싱 판독 수를 생성하며 더 넓은 동적 범위에서 발현을 정량화 할 수 있습니다(RNA-Seq의 경우 >105, 어레이의 경우 103).1,2,3
- 더 높은 특이도 및 민감도: 마이크로어레이와 비교해, RNA-Seq은 차등 발현 유전자, 특히 낮은 발현 정도의 유전자를 더 높은 비율로 검출하는 것으로 나타났습니다.4-6
- 희귀 및 저농도 전사물의 간단한 검출: 시퀀싱 커버리지 뎁스는 희소한 전사물, 세포별 단일 전사물 또는 발현이 약한 유전자를 검출할 수 있도록 쉽게 증가될 수 있습니다.
첫 번째 RNA-Seq 프로젝트를 시작하는 방법
많은 연구자들이 샘플의 종류에 따른 유전자 발현 수준에 대한 인사이트를 제공하는 RNA 시퀀싱으로 NGS 여정을 시작합니다. 이 영상은 RNA 시퀀싱 워크플로우에 대한 전반적인 개요를 제공합니다.
"mRNA-Seq은 특이도가 높아 마이크로어레이보다 전사물, 특히 동형(isoform) 검출 능력이 더 뛰어납니다. 이는 또한 차등 발현을 감지하는 데 더 민감하며 더 넓은 동적 범위를 제공합니다."
Illumina 전체 RNA-Seq 워크플로우 영상
이 애니메이션 영상은 Illumina 전체 RNA 시퀀싱 워크플로우를 안내하며, RNA-Seq이 qPCR 및 유전자 발현 어레이와 같은 다른 RNA 분석 방법에 비해 가지는 장점을 다룹니다. 이전에는 감지할 수 없었던 유전자 발현의 변화를 가시화할 수 있는 고성능 시퀀싱 방법인 RNA-Seq이 왜 필요한지 알아보세요.
어레이에서 RNA-Seq으로 전환해야 하는 더 많은 이유
차세대 시퀀싱(NGS)이 적합하다고 판단되면, 다음 단계는 수행하고자 하는 애플리케이션과 방법을 고려하고, 예상 데이터 생성 및 애플리케이션 요구 사항에 맞는 기기를 선택하는 것입니다.
사용자 친화적인 데이터 분석 도구
규모와 편향되지 않은 발견 능력 덕분에 연구자들은 다양한 기초 및 중개 연구 분야에서 NGS을 사용할 수 있습니다. 다양한 샘플의 종류를 사용하여 다양한 생물학적 시스템에 대한 심층적인 시각을 제공함으로써, 연구 범위를 확장하고 가장 대담한 연구 애플리케이션에 대한 해답을 찾을 수 있습니다.
어레이 지원금을 앞서는 RNA-Seq 지원금
새로운 RNA 시퀀싱 연구와 유전자 발현 마이크로어레이를 포함하는 연구에 할당된 NIH (미국 국립보건원) 보조금의 비율은 지난 몇 년 동안 RNA-Seq 기술 쪽에 편중되어 왔습니다. 논문 동향은 RNA 시퀀스 기반 연구가 빠르게 채택되고 영향력이 커지고 있음을 보여줍니다.
RNA 시퀀싱 웨비나 시리즈
RNA 시퀀싱 파트 I: Illumina의 RNA 라이브러리 준비 워크플로우 소개
이 영상에서는 실험 계획에 대한 주요 고려 사항과 RNA 시료 준비를 위한 샘플 준비 키트 옵션에 대해 다룹니다.
RNA 시퀀싱 파트 II: Illumina RNA prep 프로토콜의 모범 사례
RNA-Seq 비디오 웨비나 시리즈의 두 번째 파트에서는 Illumina RNA 키트의 모범 사례에 대해 자세히 살펴봅니다.
RNA 시퀀싱 파트 III: 분석 소개
이 웨비나에서는 데이터 관리 및 데이터 분석 허브인 BaseSpace에서 제공하는 사용자 친화적인 RNA-Seq 분석 옵션에 대해 설명합니다.
추가 리소스
NGS 입문자를 위한 eBook
다른 방법과 비교하여 NGS에 대해 자세히 알아보려면 NGS 시작하기 eBook을 다운로드하세요. 이 eBook에는 주요 차이점, 권장 방법/애플리케이션, 샘플 워크플로우 등이 간략하게 설명되어 있습니다.
유전자 발현 및 조절 eBook
이 eBook은 생물학과 질병에 대한 우리의 이해에 영향을 미치는 최신 전사체학 및 후성유전학 방법을 통한 발견을 강조합니다.
RNA-Seq 시작하기
전사사체학은 유전체에서 생성된 RNA 전사체의 전체 집합 또는 지정된 하위집합을 의미하며, 그 다양성과 잘 정립된 워크플로우를 통해 NGS 사용에 대한 접근성 있는 진입점을 제공합니다.
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검사실에 NGS를 도입하는 것에 대해 질문이 있으신가요?
특정 연구 분야에 대한 NGS에 대해 궁금한 점이 있으시면 언제든지 도와드리겠습니다. 저희 전문가들은 모든 질문에 답변해 드리고 요구사항에 맞는 가장 적합한 솔루션을 추천해 드릴 수 있습니다.
참고 문헌
- Wang Z, Gerstein M, Snyder M. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nat Rev Genet. 2009;10:57–63.
- Wilhelm BT, Landry JR. RNA-Seq—quantitative measurement of expression through massively parallel RNA sequencing. Methods. 2009;48:249–57.
- Zhao S, Fung-Leung WP, Bittner A, and Ngo K, Liu X. Comparison of RNA-Seq and microarray in transcriptome profiling of activated T cells. PLoS One. 2014;16;9(1):e78644.
- Wang C, Gong B, Bushel PR, et al. The concordance between RNA-seq and microarray data depends on chemical treatment and transcript abundance. Nat Biotechnol. 2014;32:926–932.
- Li J, Hou R, Niu X, et al. Comparison of microarray and RNA-Seq analysis of mRNA expression in dermal mesenchymal stem cells. Biotechnol Lett. 2016;38:33–41.
- Liu Y, Morley M, Brandimarto J, et al. RNA-Seq identifies novel myocardial gene expression signatures of heart failure. Genomics. 2015;105:83–89.