롱 리드 시퀀싱 기술

짧은 리드 시퀀싱은 일반적으로 50~600bp의 짧은 DNA 절편을 시퀀싱하는 것을 포함하며, 저렴한 비용으로 높은 데이터 품질과 시퀀싱 뎁스를 제공합니다. Illumina SBS(Short-Read sequencing by synthesis)는 50~600개의 DNA 염기 길이로 매우 정확한 리드를 생성합니다. Short-read SBS는 쉽게 확장 가능하며 전장 유전체까지 유전체의 집중된 부분을 표적으로 할 수 있습니다.

롱 리드 시퀀싱은 수만 개의 염기를 생성할 수 있습니다. 롱 리드 시퀀싱은 완전한 참조 없이 유전체를 시퀀싱하고, 대규모 구조적 재배열을 식별하고, 유전체의 낮은 복잡성 영역을 통한 시퀀싱과 함께 몇 가지 이점을 제공합니다.

Illumina 쇼트 리드 시퀀싱의 주요 이점은 높은 정확도의 합성 시퀀싱(SBS) 화학, 작은 패널에서 전체 유전체까지 assay 설계의 유연성, 개별 유전체 조사부터 대규모 모집단 이니셔티브에 이르기까지 모든 것을 위한 다양한 기기 및 솔루션을 통한 확장성입니다. 짧은 리드 시퀀싱은 인간 유전체의 대부분을 시퀀싱할 수 있지만, 반복적인 모티프, 다른 유전체 영역과 상동성을 갖는 모티프, 또는 해결하기 어려울 수 있는 큰 구조 요소를 갖는 매우 작은 백분율이 있습니다. Illumina 매핑된 리드 기술은 과학자가 이러한 매핑하기 어려운 영역을 해결하는 데 도움이 되는 장거리 유전체 정보를 제공합니다.

매핑된 리드 기술에 대해 더 알아보기

롱 리드 데이터와 상호보완하는 쇼트 리드 정보를 결합하는 것이 유리할 수 있습니다. 많은 롱 리드 시퀀싱 기술은 시간과 노력이 많이 드는 워크플로우와 매우 가변적인 결과를 가집니다.^1-4쇼트 리드(보통 50~600 bp)는 낮은 비용으로 높은 데이터 품질과 시퀀싱 뎁스(depth)를 제공합니다. 쇼트 리드 시퀀싱은 고급 NGS 데이터 분석을 통해 뛰어난 정확도로 전장 유전체 변이 콜을 생성할 수 있습니다. 또한 유전체 영역의 작은 부분은 매핑이 어려운 유전자의 분해능을 개선하는 롱 리드 정보로 이점을 얻을 수 있습니다.

링크드 리드 시퀀싱은 쇼트 리드 시퀀싱의 정확도로 롱 리드 시퀀싱의 장거리 정보를 얻으려고 시도하는 방법의 범주입니다. 이러한 방법은 긴 DNA 템플릿을 수정하여 분석 중에 더 긴 시퀀스를 매핑하는 데 사용되는 화학적 태그 또는 시퀀스 바코드를 도입합니다.

링크드 리드 시퀀싱의 주요 단점은 템플릿 수정 및 추가 분석 단계가 복잡성과 비용을 증가시켜 많은 랩의 사용성과 확장성을 제한한다는 것입니다. 긴 리드는 참조 없이 유전체를 매핑하고, 반복 영역에서 정확하게 매핑하고, 변이를 페이징하고, 큰 구조적 변이를 식별할 때 여전히 유리할 수 있습니다.

합성 롱 리드 시퀀싱에는 고유한 시퀀스 바코드 또는 화학적 태그로 긴 DNA 템플릿에 태그를 지정하고 DNA를 단편화하는 작업이 포함됩니다. 그런 다음, DNA 단편을 짧은 판독 시퀀싱 기기에서 시퀀싱하고, 특수 생물정보학 소프트웨어를 사용하여 합성된 긴 리드로 조립합니다. 이 소프트웨어는 바코드를 사용하여 DNA 조각을 원래의 긴 DNA 템플릿에 다시 매핑합니다.

합성 롱 리드 시퀀싱의 주요 단점은 DNA 템플릿 수정 및 추가 계산 분석 단계가 복잡성과 비용을 증가시켜 많은 랩의 유용성과 확장성을 제한한다는 것입니다.