메틸화 시퀀싱

사이토신 메틸레이션은 시간적/공간적 유전자 발현과 크로마틴 리모델링을 크게 수정할 수 있습니다. 차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS)의 힘을 활용하는 전장 유전체 분석과 표적 메틸화 시퀀싱 접근법 모두 단일 뉴클레오티드 수준에서 메틸레이션 패턴(methylation pattern)에 대한 통찰력을 제공할 수 있습니다.

메틸레이션 시퀀싱의 장점:

• 인간 유전체 전체에서 CpG, CHH 및 CHG 영역의 메틸레이션 패턴 발견
• 전장 유전체 접근법인 전장 유전체 바이설파이트 시퀀싱(WGBS)을 통해 대부분의 종 전반에서 유전체의 거의 모든 사이토신에서 메틸레이션 확인
• 소량의 DNA로 전체 샘플의 다양성 캡처
• ENCODE, FANTOM5 및 Epigenomics RoadMap 컨소시엄에서 식별된 인간 유전체의 새로운 관심 영역을 표적 메틸화 시퀀싱으로 커버하세요

많은 접근법이 메틸레이션 분석을 위해 NGS의 높은 품질과 민감도를 활용합니다. 대부분의 방법은 메틸레이션되지 않은 사이토신을 검출하기 위해 DNA의 바이설파이트 전환에 의존합니다. 바이설파이트 전환은 라이브러리 준비 중에 메틸레이션되지 않은 사이토신을 우라실로 변경합니다. 전환된 염기는 시퀀싱 데이터에서 티민으로 식별되고(PCR 후), 판독 계수를 사용하여 메틸레이션 사이토신 %를 결정합니다.

바이설파이트 전환 시퀀싱은 앰플리콘 methyl-seq 또는 표적 인리치먼트와 같은 표적 방법 또는 전장 유전체 바이설파이트 시퀀싱을 사용하여 수행할 수 있습니다. 또한 OxBS 및 TAB-Seq와 같은 대체 화학은 메틸레이션(5-mc) 분석과 함께 하이드록시메틸레이션(5-hMc)을 식별하기 위해 NGS와 함께 사용할 수 있습니다.

메틸레이션 분석 방법에 대한 자세한 내용은 DNA 메틸레이션 분석에 대한 필드 가이드를 참조하세요.