NextSeq 1000 및 NextSeq 2000 시스템 주문
이러한 시퀀싱 시스템은 광범위한 애플리케이션 범위, 운영 단순성, 높은 유연성 및 확장성, 입증된 성능을 제공합니다.
바이러스 감시 패널 v2 키트를 통해 연구자들은 SARS-CoV-2, 인플루엔자, 아르보바이러스, 간염을 포함한 광범위한 바이러스를 규명할 수 있는 전장 유전체 염기서열분석(whole-genome sequencing, WGS) 자료를 획득할 수 있습니다.
Viral Surveillance Panel
Whole-genome sequencing and characterization of >200 viruses and subtypes including SARS-CoV-2, influenza, arboviruses, and hepatitis.
< 9시간 라이브러리 준비 시간
Assay 시간
< 2시간 라이브러리 준비 시간
수작업 시간
10~100 ng
사용량
Overview
Target enrichment for virus detection
Target enrichment through a hybrid–capture method allows for WGS of multiple viruses, without requiring the high read depth needed for shotgun metagenomic sequencing, providing insight to viral evolution and broad viral surveillance.1 Additionally, as compared to other targeted resequencing methods, such as amplicon sequencing, hybrid–capture provides greater ability to capture, sequence and identify mutations, making it ideal for outbreak surveillance of rapidly evolving viruses.
Streamlined solution for viral applications
This comprehensive workflow integrates library preparation, target enrichment, sequencing, and data analysis, allowing researchers and public health scientists the ability to monitor multiple high-risk viruses with one panel/workflow.
Specifications
| Assay 시간 | < 9시간 라이브러리 준비 시간 |
|---|---|
| 자동화 기능 | 리퀴드 핸들링 로봇 |
| 자동화 상세 정보 | 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 |
| 설명 | Illumina RNA Prep with Enrichment가 포함된 Viral Surveillance Panel은 66개의 RNA 및 DNA 바이러스 병원체의 바이러스 발생 검출 및 모니터링을 지원하는 최적화된 워크플로우를 제공합니다. |
| 수작업 시간 | < 2시간 라이브러리 준비 시간 |
| 사용량 | 10~100 ng |
| 기기 | MiSeq 시스템, iSeq 100 시스템, NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, NextSeq 1000 시스템, MiniSeq 시스템, MiSeq i100 시스템, MiSeq i100 Plus 시스템 |
| 작용 기전 | 온비드·태그멘테이션(on-bead tagmentation) 후 단일 혼성화 단계 |
| 방법 | 표적 DNA 시퀀싱, 전장 유전체 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱, 표적 인리치먼트 |
| 멀티플렉싱 | 고유한 듀얼 인덱스(unique dual index)를 사용하여 한 번의 런으로 최대 384개 샘플 |
| 핵산 종류 | DNA, RNA |
| 종 카테고리 | 바이러스 |
| 가닥 특이성 | 비가닥(Non-stranded) |
| 기술 | 시퀀싱 |
Required products
The complete kits include everything needed for library prep and enrichment, including purification beads and index adapters. Use up to 4 kits for larger runs up to 384 samples.
- Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set A (96 samples)
- Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set B (96 samples)
- Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set C (96 samples)
- Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set D (96 samples)
/
건
Applications
The Viral Surveillance Panel v2 Kit provides an optimized workflow that supports viral outbreak detection and monitoring of over 200 RNA and DNA viral pathogens.
Example workflow
Prep
Viral Surveillance Panel v2 Kit (Sets A-D)
Analyze
Related applications and methods
차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS)은 코로나바이러스의 새로운 균주 및 기타 새로운 감염병 제제의 식별을 통해 효과적인 유전체 감시 시스템 전략을 제공합니다.
NGS는 신종 코로나바이러스 변이를 식별하고, COVID-19 전파를 추적하는 등 다양한 기능을 수행할 수 있습니다. 다양한 코로나바이러스 시퀀싱 목표에 대한 NGS 방법을 비교해 보세요.
전염병의 지역사회 수준 모니터링, 돌연변이 추적 및 변이 추세 추적을 위한 NGS를 통한 폐수 감시 시스템에 대해 알아보세요.
Documentation
Support documentation
Compare
| Viral Surveillance Panel | Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit | Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit | |
|---|---|---|---|
| Assay 시간 | < 9시간 라이브러리 준비 시간 | < 9시간 라이브러리 준비 시간 | < 9시간 라이브러리 준비 시간 |
| 자동화 기능 | 리퀴드 핸들링 로봇 | 리퀴드 핸들링 로봇 | 리퀴드 핸들링 로봇 |
| 자동화 상세 정보 | 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 | 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 | 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 |
| 설명 | Illumina RNA Prep with Enrichment가 포함된 Viral Surveillance Panel은 66개의 RNA 및 DNA 바이러스 병원체의 바이러스 발생 검출 및 모니터링을 지원하는 최적화된 워크플로우를 제공합니다. | SARS-CoV-2 및 기타 흔한 호흡기 바이러스를 검출하고 분석하기 위한 간소화된 워크플로우. 독립적 설계는 여러 관심 대상 검체 유형 전반에서 병원성 바이러스의 광범위한 식별을 가능하게 한다. | 호흡기 감염 및 동시 감염을 식별하고, 항균제 내성 표지자를 검출하며, 바이러스 진화 및 전파를 연구하기 위해 주요 병원체(SARS-CoV-2 및 Flu A/B 바이러스)의 균주 유형 분석을 실시한다. |
| 수작업 시간 | < 2시간 라이브러리 준비 시간 | < 2시간 라이브러리 준비 시간 | < 2시간 라이브러리 준비 시간 |
| 사용량 | 10~100 ng | 10~100 ng | 용량 기준(농도 의존적 아님) |
| 기기 | MiSeq 시스템, iSeq 100 시스템, NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, NextSeq 1000 시스템, MiniSeq 시스템, MiSeq i100 시스템, MiSeq i100 Plus 시스템 | MiSeq 시스템, NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, MiniSeq 시스템, MiSeq i100 시스템, MiSeq i100 Plus 시스템 | MiSeq 시스템, NextSeq 550 시스템, MiniSeq 시스템, MiSeq i100 시스템, MiSeq i100 Plus 시스템 |
| 작용 기전 | 온비드·태그멘테이션(on-bead tagmentation) 후 단일 혼성화 단계 | 온비드·태그멘테이션(on-bead tagmentation) 후 단일 혼성화 단계 | 온비드·태그멘테이션(on-bead tagmentation) 후 단일 혼성화 단계 |
| 방법 | 표적 DNA 시퀀싱, 전장 유전체 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱, 표적 인리치먼트 | 표적 DNA 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱, 표적 인리치먼트 | 표적 DNA 시퀀싱, 표적 RNA 시퀀싱, 표적 인리치먼트 |
| 멀티플렉싱 | 고유한 듀얼 인덱스(unique dual index)를 사용하여 한 번의 런으로 최대 384개 샘플 | 고유한 듀얼 인덱스(unique dual index)를 사용하여 한 번의 런으로 최대 384개 샘플 | 고유한 듀얼 인덱스(unique dual index)를 사용하여 한 번의 런으로 최대 384개 샘플 |
| 핵산 종류 | DNA, RNA | DNA, RNA | DNA, RNA |
| 종 카테고리 | 바이러스 | 인간, 바이러스 | 진균, 바이러스, 세균 |
| 가닥 특이성 | 비가닥(Non-stranded) | ||
| 기술 | 시퀀싱 | 시퀀싱 | 시퀀싱 |
Selection tools:
Library Prep and Array Kit Selector
Find the right sequencing library preparation kit or microarray for your needs. Filter by method, species, and more. Compare, share, and order kits.
Figures
Read counts and viral genome coverage gains
Compared to shotgun metagenomic sequencing, where all RNA/DNA is sequenced, targeted hybrid–capture reduces unnecessary sequencing of host and nontargeted microbes.
Uniform viral genome coverage
Target enrichment probes in the Viral Surveillance Panel v2 Kit provide uniform coverage of whole virus genomes. Virus controls were prepared by mixing virus controls at known copy numbers with 10 ng human RNA/DNA mix. Libraries were prepared and sequenced following the Viral Surveillance Panel v2 Kit workflow.
Wastewater surveillance
Viruses detected in wastewater using Viral Surveillance Panel v2 Kit or shotgun sequencing.a Samples with low viral concentrations are easily detectable when using the Viral Surveillance Panel v2 Kit.
See the data sheet or Virus List Spreadsheet for the full list of viruses detected.
Download the Viral Surveillance Panel v2 Virus List Spreadsheet
a. Samples were collected by researchers at Colorado State University and purified total nucleic acids were shipped to Illumina for testing. Libraries were prepared and sequenced using 100 ng total nucleic acids
Viruses detected by the Viral Surveillance Panel v2 Kit
The panel detects over 200 viruses and subtypes, including the 66 viruses identified as important risks to public health by the World Health Organization (WHO).2
| Included on the Viral Surveillance Panel | ||||
| Adeno-associated virus 2 | Human adenoviruses (species A - G) | Mamastrovirus | "Rotaviruses (species A, B, C, H) | |
| Aichi virus 1 | Human bocavirus | Marburg virus | Rubella virus | |
| Aigai virus | Human coronaviruses (4 species) | Mayaro virus | Sabia virus | |
| Bombali virus | Human cytomegalovirus | Measles virus | Salivirus A | |
| Bourbon virus | Human immunodeficiency viruses (1 and 2) | Menangle virus | Sandfly fever Sicilian virus | |
| Cache Valley virus | Human metapneumovirus | MERS-CoV | Sapovirus | |
| California encephalitis virus | Human papillomaviruses (28 types) | Mpox virus | SARS-CoV | |
| Chapare virus | Human parainfluenza viruses (types 1 - 4) | Mumps virus | SARS-CoV-2 | |
| Chikungunya virus | Human parechovirus | Murray Valley encephalitis virus | Semliki Forest virus | |
| Colorado tick fever virus | Human parvovirus B19 | Nipah virus | Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus | |
| Coxsackieviruses (A and B) | Influenza A virus (20 subtypes) | Norovirus | Sindbis virus | |
| Crimean-Congo hemorrhagic fever virus | Influenza B virus (both lineages) | Omsk hemorrhagic fever virus | Snowshoe hare virus | |
| Dengue viruses (4 types) | Influenza C virus | Onyong-nyong virus | Sosuga virus | |
| Ebola viruses (6 species) | Jamestown Canyon virus | Oropouche virus | St. Louis encephalitis virus | |
| Echovirus | Japanese encephalitis virus | Poliovirus | Tacheng tick virus 2 | |
| Enteroviruses (A - D) | Junin virus | Polyomavirus (13 species) | Tahyna virus | |
| Epstein-Barr virus | Kyasanur Forest disease virus | Powassan virus | Tick-borne encephalitis virus | |
| Equine encephalitis viruses (3 species) | La Crosse virus | Punta Toro virus | Torque teno virus (Anelloviruses) | |
| Guanarito virus | Lassa virus | Rabies virus | Toscana virus | |
| Hantaviruses (22 species) | Lloviu virus | Ravn virus | Usutu virus | |
| Heartland virus | Lujo virus | Respiratory syncytial virus (types A and B) | Varicella-zoster virus | |
| Hendra virus | Lymphocytic choriomeningitis virus | Rhinoviruses (species A - C) | Variola virus | |
| Hepatitis viruses (A - E) | Lyssavirus | Rift Valley fever virus | West Nile virus | |
| Herpes simplex viruses (1 and 2) | Machupo virus | Ross River virus | Yellow fever virus | |
| Zika virus | ||||
라이브러리 프렙 (4)
Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set A (96 samples)
20108081
Viral Surveillance Panel V2 Kit(VSP V2)는 200개 이상의 바이러스 및 공중 보건 우려 아형의 전장 유전체 시퀀싱을 제공하는 하이브리드 캡처 인리치먼트 키트입니다.
List Price:
Discounts:
Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set B (96 samples)
20108082
Viral Surveillance Panel V2 Kit(VSP V2)는 200개 이상의 바이러스 및 공중 보건 우려 아형의 전장 유전체 시퀀싱을 제공하는 하이브리드 캡처 인리치먼트 키트입니다.
List Price:
Discounts:
Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set C (96 samples)
20108083
Viral Surveillance Panel V2 Kit(VSP V2)는 200개 이상의 바이러스 및 공중 보건 우려 아형의 전장 유전체 시퀀싱을 제공하는 하이브리드 캡처 인리치먼트 키트입니다.
List Price:
Discounts:
Illumina Viral Surveillance Panel v2 Kit, Set D (96 samples)
20108084
Viral Surveillance Panel V2 Kit(VSP V2)는 200개 이상의 바이러스 및 공중 보건 우려 아형의 전장 유전체 시퀀싱을 제공하는 하이브리드 캡처 인리치먼트 키트입니다.
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요약
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FAQs
Viral Surveillance Panel v1 provides results for 66 viruses of public health concern. Viral Surveillance Panel v2 expands this target list to over 200 viruses and subtypes. Viral Surveillance Panel v2 includes Illumina Purification Beads, which are not included in Viral Surveillance Panel v1.
For good quality samples, the read depth is a minimum of 2M paired-end reads per sample with a read length of 150 bp. For more complex samples, such as wastewater, a minimum of 8M paired-end reads is recommended per sample.
Yes. Whole-genome sequencing of multiple viruses at once can be done using the Viral Surveillance Panel. This makes the panel ideal for viral surveillance and analysis of viral evolution.
Yes, dsRNA, ssRNA, dsDNA, and ssDNA viruses are detected.
The standard workflow is to pool 3 samples per one hybridization (3-plexing).
Download the full list of viruses and subtypes in VSPv2 here.
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건
Frequently purchased
MiSeq 시약 키트 v3
클러스터 밀도와 판독 길이를 높여 최적화된 시약 키트로 이전 버전에 비해 시퀀싱 품질 점수가 향상되었습니다.
Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit
고도로 민감하고 포괄적인 호흡기 병원체 식별 및 항균제 내성 인사이트를 제공하는 라이브러리 프렙 및 인리치먼트 키트.
Illumina DNA Prep
광범위한 시퀀싱 애플리케이션에서 사용할 라이브러리를 준비하기 위한 빠르고 통합된 워크플로우입니다.
참고 문헌
- Gaudin M, Desnues C. Hybrid Capture-Based Next Generation Sequencing and Its Application to Human Infectious Diseases. Front Microbiol. 2018;9:2924. Published 2018 Nov 27. doi:10.3389/fmicb.2018.02924
- Bloom DE, Cadarette D. Infectious Disease Threats in the Twenty-First Century: Strengthening the Global Response. Front Immunol. 2019;10:549. Published 2019 Mar 28. doi:10.3389/fimmu.2019.00549
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